[日本語] English
万見
- PDB-3fgh: Human mitochondrial transcription factor A box B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgh
タイトルHuman mitochondrial transcription factor A box B
要素Transcription factor A, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION / HMG domain / mitochondrial transcription / Activator / DNA-binding / Mitochondrion / Phosphoprotein / Polymorphism / Transcription regulation / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Gangelhoff, T.A. / Mungalachetty, P. / Nix, J. / Churchill, M.E.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural analysis and DNA binding of the HMG domains of the human mitochondrial transcription factor A
著者: Gangelhoff, T.A. / Mungalachetty, P.S. / Nix, J.C. / Churchill, M.E.
履歴
登録2008年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3577
ポリマ－8,0151
非ポリマー3426
水97354
1
A: Transcription factor A, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Transcription factor A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,71314
ポリマ－16,0302
非ポリマー68312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area3490 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.280, 99.350, 51.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-54-

HOH

21A-57-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 8014.907 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM, TCF6L2 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Codon / 参照: UniProt: Q00059
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M NaAcetate, 0.1 M CdCl2 and 21% PEG 4000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→28.96 Å / Num. obs: 17556 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.83 % / Biso Wilson estimate: 20.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.421 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.062
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21403 1771 10.1 %RANDOM
Rwork0.18815 ---
obs0.19077 15765 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.166 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数615 0 6 54 675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.938868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.095580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92124.06232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1415119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.91154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2730.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.233
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2852377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9493613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3312276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8613255
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.2943653
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.088360
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.0223615
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 102 -
Rwork0.175 1075 -
obs--91.17 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る