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- PDB-3ffq: HCN2I 443-640 apo-state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffq
タイトルHCN2I 443-640 apo-state
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
キーワードMETAL TRANSPORT / Ion transport / Ion channel / Membrane / Nucleotide-binding / Potassium / Potassium channel / Sodium channel / Transmembrane / Voltage-gated channel / cAMP / cAMP-binding / Glycoprotein / Ionic channel / Phosphoprotein / Potassium transport / Sodium transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / HCN channel complex / cellular response to aldosterone / ammonium transmembrane transport / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity ...HCN channels / HCN channel complex / cellular response to aldosterone / ammonium transmembrane transport / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / dendrite membrane / dendritic shaft / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / molecular adaptor activity / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Olivier, N.B.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2009
タイトル: Mapping the structure and conformational movements of proteins with transition metal ion FRET.
著者: Taraska, J.W. / Puljung, M.C. / Olivier, N.B. / Flynn, G.E. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97511
ポリマ－47,2562
非ポリマー7199
水1,27971
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,11024
ポリマ－94,5124
非ポリマー1,59820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area33980 Å2
手法PISA
2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,79120
ポリマ－94,5124
非ポリマー1,27816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.285, 95.285, 123.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / Brain cyclic nucleotide-gated channel 2 / BCNG-2 / Hyperpolarization-activated cation channel 1 / HAC-1


分子量: 23628.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcng2, bcng2 or hac1, Hac1, Hcn2 / プラスミド: pETGQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O88703
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Two uL protein (5-7 mg/mL) mixed with one uL reservoir solution composed of 0.4 M NaCl, 0.1 NaBr, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% glycerol (v/v), and 20% PEG 8000 (w/v). Crystals grew within eight ...詳細: Two uL protein (5-7 mg/mL) mixed with one uL reservoir solution composed of 0.4 M NaCl, 0.1 NaBr, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% glycerol (v/v), and 20% PEG 8000 (w/v). Crystals grew within eight weeks and harvested an additional eight weeks after initial growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月19日 / 詳細: Doubly focusing toroidal mirror
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 21512 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5817 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Q43

1q43


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 19.255 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -1 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28292 1103 5.1 %RANDOM
Rwork0.24314 ---
all0.24517 20412 --
obs0.24517 20404 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å20 Å20 Å2
2--2.31 Å20 Å2
3----4.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 9 71 2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0222889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.9463904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.765364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.4522.826138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.79715437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.9061522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.21297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.22034
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2860.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9641.51856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49322863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73131173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8874.51041
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 73 -
Rwork0.28 1479 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.27092.11420.652530.53887.6828-0.35630.6438-0.2272-0.20240.2894-0.338-1.1085-0.61190.06690.18290.2689-0.1234-0.0018-0.0604-0.088234.246-34.0632-16.0823
23.61660.6039-0.74270.26650.55264.9665-0.25420.06740.1381-0.1210.0355-0.1162-1.5030.38670.21870.3337-0.1992-0.1095-0.10590.0866-0.030455.0479-25.478-1.8698
32.06150.31390.52721.50540.21794.66420.0526-0.0096-0.03890.1048-0.1414-0.0445-1.3513-0.5020.08880.34240.2393-0.0904-0.1737-0.0172-0.046239.817-23.80457.8283
42.15261.7310.41034.2717-0.15689.47070.1259-0.26930.18680.5497-0.30050.17950.74730.95220.17460.05230.22730.07910.18590.1401-0.106711.4847-15.55340.4559
50.0915-0.4293-0.48113.54341.07783.4384-0.0037-0.2850.08110.2437-0.21770.1645-0.34791.56970.2214-0.1571-0.0885-0.05260.38180.1219-0.024121.68052.9449-11.6065
61.19130.2863-0.07472.4098-0.48194.173-0.1530.09760.062-0.04620.10150.03040.46411.25680.0515-0.17480.25550.00960.410.1011-0.038223.8296-7.7858-24.4667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A444 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2A486 - 524
3X-RAY DIFFRACTION3A525 - 628
4X-RAY DIFFRACTION4B443 - 474
5X-RAY DIFFRACTION5B475 - 524
6X-RAY DIFFRACTION6B525 - 629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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