PDB-3ff4: Crystal structure of uncharacterized protein CHU_1412

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ff4

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein CHU_1412

要素

uncharacterized protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

:
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein CHU_1412
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ff4.cif.gz	39.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ff4.ent.gz	27.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ff4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ff4_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ff4_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	3ff4_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	3ff4_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ff4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ff4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lua-d 2f9s-2 1lu4-d 1dt1-d 2h1d-1 3h1e-d 1st9-2 4i3i-d 4b9o-d 2gkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.535, 73.535, 59.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 13654.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) 遺伝子: CHU_1412 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q11V83
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8K, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月26日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 10737 / Num. obs: 10728 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 40.966 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 49.64
反射シェル	解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 262 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP	COOT	モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 9.053 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.139
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19826	505	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17909	-	-	-
all	0.18003	10584	-	-
obs	0.18003	10584	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.107 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0.04 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	7	65	1019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.995	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.443	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.235	25.217	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.198	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.691	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.718	1.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.264	2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	3	390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.082	4.5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	47	-
R_work	0.179	742	-
obs	-	789	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8684	0.3587	0.4872	3.3456	-0.2541	3.528	0.0337	-0.1932	-0.0055	-0.2151	-0.0922	-0.2099	-0.0821	0.2359	0.0585	0.0186	-0.005	0.0092	0.0298	0.0168	0.0478	54.6596	18.4727	4.2521
2	4.5928	0.3582	-0.4994	4.794	0.4625	4.3565	0.1672	-0.386	-0.396	-0.0984	-0.0997	-0.0453	0.2301	0.0988	-0.0675	0.0275	-0.0073	-0.0118	0.0349	0.0355	0.0642	51.6485	14.9523	6.8455
3	3.998	0.0089	1.2581	5.8176	-2.1892	4.5255	0.1229	-0.0136	0.4133	0.0517	-0.0265	0.2231	-0.5542	-0.3603	-0.0964	0.1285	0.0829	0.0038	0.0763	-0.0085	0.1116	43.8915	28.0312	1.4194

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	108 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	89 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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