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- PDB-3fev: Crystal structure of the chimeric muscarinic toxin MT7 with loop ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fev
タイトルCrystal structure of the chimeric muscarinic toxin MT7 with loop 1 from MT1.
要素Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
キーワードTOXIN / CHIMERA / ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR / GREEN MAMBA SNAKE TOXIN / HM1 MUSCARINIC RECEPTOR / NEUROTOXIN / MUSCARINIC TOXIN / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic toxin 1 / Muscarinic toxin 7
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Stura, E.A. / Menez, R. / Mourier, G. / Fruchart-Gaillard, C. / Menez, A. / Servant, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Engineering of three-finger fold toxins creates ligands with original pharmacological profiles for muscarinic and adrenergic receptors.
著者: Fruchart-Gaillard, C. / Mourier, G. / Blanchet, G. / Vera, L. / Gilles, N. / Menez, R. / Marcon, E. / Stura, E.A. / Servent, D.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
B: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
C: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3225
ポリマ－22,1293
非ポリマー1922
水9,260514
1
A: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3761
ポリマ－7,3761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4732
ポリマ－7,3761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4732
ポリマ－7,3761
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.140, 71.975, 89.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fusion of Muscarinic toxin 1, Muscarinic m1-toxin1 / MTx1 / MT1 / m1-toxin / Muscarinic toxin 7 / MT-7 / MT7


分子量: 7376.481 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in toxins MT1 and MT7
由来: (合成) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: P81030, UniProt: Q8QGR0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CHIMERIC MT1-MT7 TOXIN, FUSION OF MT1 (UNIPROT RESIDUES 1-16) AND MT7 (UNIPROT RESIDUES 38-86)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM sodium acetate, 0.02% NaN3, 1M ammonium sulfate, 90mM sodium citrate, 8% 1,6 hexanediol, 6% propanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.007 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.04 Å / Num. all: 44204 / Num. obs: 39130 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 10.675 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3729 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 71.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VLW

2vlw


解像度: 1.3→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.126 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23322 2063 5 %RANDOM
Rwork0.21466 ---
all0.2156 38919 --
obs0.2156 38919 92.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 10 514 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9552360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.8145218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11923.46278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20215303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7351514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9481.51085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2421735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9883736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8264.5625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.295→1.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 127 -
Rwork0.343 2471 -
obs--80.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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