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- PDB-3feq: Crystal structure of uncharacterized protein eah89906 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3feq
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein eah89906
要素PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UNKNOWN SOURCE / AMIDOHYDROLASE / SARGASSO SEA / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Romero, R. / Freeman, J. / Lau, C. / Smith, D. / Bain, K. / Wasserman, S.R. / Raushel, F. / Sauder, J.M. ...Patskovsky, Y. / Bonanno, J. / Romero, R. / Freeman, J. / Lau, C. / Smith, D. / Bain, K. / Wasserman, S.R. / Raushel, F. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Functional identification and structure determination of two novel prolidases from cog1228 in the amidohydrolase superfamily .
著者: Xiang, D.F. / Patskovsky, Y. / Xu, C. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sisco, A.A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2008年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
B: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
C: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
D: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
E: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
F: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
G: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
H: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
I: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
J: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
K: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
L: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
M: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
N: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
O: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
P: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)721,30948
ポリマ－719,21616
非ポリマー2,09332
水2,612145
1
A: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
B: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
C: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
D: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
E: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
F: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
G: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
H: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,65424
ポリマ－359,6088
非ポリマー1,04716
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19800 Å2
ΔGint-716 kcal/mol
Surface area106380 Å2
手法PISA
2
I: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
J: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
K: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
L: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
M: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
N: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
O: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
P: PUTATIVE AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,65424
ポリマ－359,6088
非ポリマー1,04716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19770 Å2
ΔGint-724 kcal/mol
Surface area106480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.208, 108.048, 171.132
Angle α, β, γ (deg.)81.75, 80.36, 74.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 409 / Label seq-ID: 4 - 411

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
13MM
14NN
15OO
16PP
詳細homo-octamer, the unit cell contains two octamers

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE AMIDOHYDROLASE


分子量: 44950.988 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 参照: UniProt: Q393A1*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% PEG 8000, MES, PH 6.0, 200MM SODIU ACYTATE,10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9796
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月2日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 227280 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 2.61→2.7 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R8C

2r8c
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.63→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 16.434 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.038 / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28148 6581 3 %RANDOM
Rwork0.23769 ---
obs0.23902 212060 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å2-0.93 Å21.96 Å2
2---0.46 Å20.09 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48085 0 32 145 48262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02248967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.95866451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2356506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77723.8312122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.156158035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.90515422
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.27798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0237092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.322296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.533341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.52767
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0450.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3530.3160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4940.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.703232452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.036351207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.363317555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.458515209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2896 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.130.1
2Btight positional0.130.1
3Ctight positional0.140.1
4Dtight positional0.130.1
5Etight positional0.140.1
6Ftight positional0.140.1
7Gtight positional0.120.1
8Htight positional0.130.1
9Itight positional0.150.1
10Jtight positional0.130.1
11Ktight positional0.140.1
12Ltight positional0.140.1
13Mtight positional0.140.1
14Ntight positional0.130.1
15Otight positional0.120.1
16Ptight positional0.130.1
1Atight thermal5.315
2Btight thermal6.875
3Ctight thermal5.485
4Dtight thermal8.395
5Etight thermal6.255
6Ftight thermal5.785
7Gtight thermal5.045
8Htight thermal7.785
9Itight thermal7.045
10Jtight thermal7.775
11Ktight thermal7.345
12Ltight thermal8.035
13Mtight thermal7.215
14Ntight thermal6.375
15Otight thermal4.185
16Ptight thermal4.765
LS精密化 シェル解像度: 2.631→2.698 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 440 -
Rwork0.414 13514 -
obs--84.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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