プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.01→54 Å / Num. obs: 22412 / % possible obs: 100 % / Rsym value: 0.063
反射 シェル
解像度: 2.01→2.07 Å / Rsym value: 0.43 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.1.24
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.01→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.724 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24979
1148
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.20386
-
-
-
obs
0.20619
21263
99 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 25.95 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.15 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
1 Å2
0 Å2
3-
-
-
-1.15 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.01→20 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2149
0
29
259
2437
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.01
0.022
2214
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.217
2.001
2982
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.651
5
265
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.083
0.2
347
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.004
0.02
1604
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.19
0.2
1099
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.128
0.2
225
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION
r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.153
0.2
18
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.103
0.2
9
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.078
2
1337
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
1.931
3
2164
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
1.278
2
877
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
2.116
3
818
X-RAY DIFFRACTION
r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル
解像度: 2.011→2.063 Å / Total num. of bins used: 20 /