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- PDB-3fe7: Crystal Structure of HdmX bound to the p53-peptidomimetic Ac-Phe-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fe7
タイトルCrystal Structure of HdmX bound to the p53-peptidomimetic Ac-Phe-Met-Aib-Pmp-Trp-Glu-Ac3c-Leu-NH2 at 1.35A
要素
  • Mdm4 protein
  • p53-peptidomimetic Ac-Phe-Met-Aib-Pmp-Trp-Glu-Ac3c-Leu-NH2
キーワードCELL CYCLE / HdmX / Hdm4 / human Mdm4 / human MdmX / protein-protein interaction / p53 / Alternative splicing / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Human MdmX (HdmX) in Complex with p53 Peptide Analogues Reveal Surprising Conformational Changes
著者: Kallen, J. / Goepfert, A. / Blechschmidt, A. / Izaac, A. / Geiser, M. / Tavares, G. / Ramage, P. / Furet, P. / Masuya, K. / Lisztwan, J.
履歴
登録2008年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mdm4 protein
L: p53-peptidomimetic Ac-Phe-Met-Aib-Pmp-Trp-Glu-Ac3c-Leu-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3452
ポリマ－12,3452
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.294, 43.294, 65.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Mdm4 protein / p53-binding protein Mdm4 / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / Double minute 4 protein


分子量: 11186.985 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 14-111 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / プラスミド: pET28 derivative pXI607e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド p53-peptidomimetic Ac-Phe-Met-Aib-Pmp-Trp-Glu-Ac3c-Leu-NH2


分子量: 1158.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % / Mosaicity: 0.832 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 3.1M AmSo4, 1% MPD, 4% polypropyleneglycol, 0.1M MES, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99975 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→20 Å / Num. obs: 25341 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 32.852
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Num. unique all: 1647 / Χ2: 0.291 / % possible all: 61.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GV2

2gv2


解像度: 1.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.883 / SU B: 0.754 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / SU Rfree: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1278 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 25273 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.25 Å2 / Biso mean: 16.964 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 0 85 837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2122.1131043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.018584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.73824.66730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.01215133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.477153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5872666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5273384
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9544.5373
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 49 -
Rwork0.269 1075 -
all-1124 -
obs--58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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