PDB-3fdd: The Crystal Structure of the Pseudomonas dacunhae Aspartate-Beta-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fdd

タイトル

The Crystal Structure of the Pseudomonas dacunhae Aspartate-Beta-Decarboxylase Reveals a Novel Oligomeric Assembly for a Pyridoxal-5-Phosphate Dependent Enzyme

要素

L-aspartate-beta-decarboxylase

キーワード

LYASE / L-aspartate-beta-decarboxylase / Aspartate 4-decarboxylase / L-aspartate 4-carboxy-lyase / pyridoxal-5'-phosphate / PLP / aspD / dodecamer / ABDC

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas dacunhae ATCC 21192 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lima, S. / Sundararaju, B. / Huang, C. / Khristoforov, R. / Momany, C. / Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the Pseudomonas dacunhae aspartate-beta-decarboxylase dodecamer reveals an unknown oligomeric assembly for a pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme.
著者: Lima, S. / Sundararaju, B. / Huang, C. / Khristoforov, R. / Momany, C. / Phillips, R.S.

履歴

登録	2008年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3fdd.ent.gz	90.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3fdd_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fdd_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	3fdd_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	3fdd_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zy5-1 2zy3-1 2zy4-1 2zy2-1 10193 6o38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-aspartate-beta-decarboxylase

ヘテロ分子

59.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-aspartate-beta-decarboxylase

ヘテロ分子

x 12

ソフトウェアが定義した集合体
719 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.453, 150.453, 150.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-575- HOH
2	1	A-767- HOH
3	1	A-772- HOH

#1: タンパク質	L-aspartate-beta-decarboxylase 分子量: 59581.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas dacunhae ATCC 21192 (バクテリア) 遺伝子: aspD, GI:28875527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q845W8, aspartate 4-decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: ABDC crystals were grown at 23.5 C using the microbatch under-oil method by mixing in a 1:1 ratio, a 10.5 mg mL-1 ABDC solution in 50 mM Na-Acetate (pH 6.0) and 0.1 mM PLP with a solution ...詳細: ABDC crystals were grown at 23.5 C using the microbatch under-oil method by mixing in a 1:1 ratio, a 10.5 mg mL-1 ABDC solution in 50 mM Na-Acetate (pH 6.0) and 0.1 mM PLP with a solution containing 100 mM MgCl2, 100 mM Tris (pH 8.5), 25% (v/v) PEG 400, 10% (v/v) glycerol, temperature 298K, pH 7

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %

結晶化

温度: 298 K / pH: 7
詳細: ABDC crystals were grown at 23.5 C using the microbatch under-oil method by mixing in a 1:1 ratio, a 10.5 mg mL-1 ABDC solution in 50 mM Na-Acetate (pH 6.0) and 0.1 mM PLP with a solution ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.007
検出器	検出器: CCD / 日付: 2007年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→106.6 Å / Num. obs: 22531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.99 Å² / R_sym value: 0.076
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.057 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→106.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.747 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	1217	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.17	22531	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→106.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	20	212	4180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	1.98	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.981	23.49	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.544	15	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.799	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.698	2	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.452	5	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.715	7	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.08	10	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	96	-
R_work	0.2	1634	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	24.7342	3.3726	-5.053	0.4599	-0.689	1.0323	1.3717	-2.1777	3.5445	-2.7352	0.1207	-0.5074	1.289	-0.0888	-1.4925	0.5195	-0.0001	-0.0005	0.5201	0.0016	0.5193	-21.3616	5.2655	-46.2704
2	1.1003	0.2169	0.2466	0.3295	0.1079	0.0675	0.0113	0.0233	0.0437	0.0157	-0.0587	-0.0609	0.0318	-0.0298	0.0474	0.0798	-0.0069	-0.014	0.1273	0.0077	0.0302	5.4091	-4.3446	-24.1271
3	0.1997	0.106	0.0583	0.2952	0.0098	0.5535	-0.0039	0.0028	-0.0186	-0.0603	-0.0478	-0.0615	0.0348	-0.0066	0.0516	0.0942	0.0073	-0.0054	0.1167	-0.0029	0.0054	-0.1646	-14.1729	-42.527
4	0.0168	-0.0011	-0.0109	0.0001	0.0007	0.0071	0.1901	-0.0179	1.6346	-0.1866	0.225	0.7408	-0.2863	-0.711	-0.4152	0.3771	0.0919	-0.1342	0.3486	-0.1933	0.3553	-14.7811	-4.3795	-62.01
5	0.4129	0.0651	-0.1532	0.2391	-0.0438	0.6951	0.0122	0.006	-0.0215	-0.1262	-0.0375	0.0424	0.0536	-0.0318	0.0254	0.1325	0.0177	-0.0335	0.0979	-0.0292	-0.0065	-7.7908	-15.8863	-53.2732
6	1.4145	-0.4104	0.1002	1.2752	0.4006	0.1668	0.0105	0.0115	-0.3378	-0.1117	-0.0813	0.2539	-0.02	-0.0625	0.0708	0.0411	-0.0212	-0.0681	0.1352	-0.047	0.0985	-32.4071	-11.248	-38.3209
7	2.8698	1.4184	-2.2775	0.8618	-1.453	2.4738	-0.2313	1.2814	-0.0492	-1.1576	0.46	0.3623	-1.0078	-0.6767	-0.2287	0.2961	0.1733	-0.4921	0.4308	-0.0728	0.226	-40.5078	0.7487	-48.8598
8	163.0895	-16.476	-11.8498	23.4483	-14.3515	219.6693	1.3748	8.1251	1.7589	-3.4618	-1.7926	-0.6367	1.4767	-3.9514	0.4178	0.2884	-0.0305	0.0244	0.2292	-0.0029	0.4004	-36.6294	-7.7086	-58.4841
9	6.4479	0.7632	2.4052	1.0493	-0.1179	1.7365	-0.1115	0.1496	0.4332	-0.2315	-0.0468	0.3084	-0.4859	0.0337	0.1583	0.0852	0.0998	-0.123	0.062	-0.0372	0.1165	-40.4322	-0.066	-40.5108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	27 - 36	27 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	37 - 97	37 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	98 - 201	98 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	202 - 221	202 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	222 - 405	222 - 405
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	406 - 454	406 - 454
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	455 - 488	455 - 488
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	489 - 493	489 - 493
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	494 - 528	494 - 528

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新型コロナ情報

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