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万見
- PDB-3fd5: Crystal structure of human selenophosphate synthetase 1 complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fd5
タイトルCrystal structure of human selenophosphate synthetase 1 complex with AMPCP
要素Selenide, water dikinase 1
キーワードTRANSFERASE / selenophosphate synthetase / selD / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Selenium
機能・相同性
機能・相同性情報


selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / selenocysteine biosynthetic process / protein modification process / nuclear membrane / phosphorylation / protein heterodimerization activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP binding ...selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / selenocysteine biosynthetic process / protein modification process / nuclear membrane / phosphorylation / protein heterodimerization activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Selenophosphate synthetase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Selenophosphate synthetase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / PHOSPHATE ION / Selenide, water dikinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, K.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of catalytic intermediates of human selenophosphate synthetase 1.
著者: Wang, K.T. / Wang, J. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Selenide, water dikinase 1
B: Selenide, water dikinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,46014
ポリマ－86,1952
非ポリマー1,26412
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.734, 66.734, 181.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Selenide, water dikinase 1 / Selenophosphate synthetase 1 / Selenium donor protein 1


分子量: 43097.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPHS1, SELD, SPS, SPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49903, selenide, water dikinase

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非ポリマー , 5種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-AP2 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / α,β-メチレンADP


分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES-KOH pH 7.0, 50mM MgCl2, 30% PEGMME550, 5mM K2HPO4/KH2PO4 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.501
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 60859 / Num. obs: 58844 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→14.926 Å / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1991 3.39 %RANDOM
Rwork0.1376 ---
obs0.1395 58701 94.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.982 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3744 Å20 Å20 Å2
2---0.3744 Å20 Å2
3---0.4165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5111 0 72 514 5697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3057187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8191859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9002-1.93290.2254870.23012398X-RAY DIFFRACTION98
1.9329-1.96790.2158850.22172545X-RAY DIFFRACTION98
1.9679-2.00570.271930.20232642X-RAY DIFFRACTION98
2.0057-2.04650.2627850.19922701X-RAY DIFFRACTION98
2.0465-2.09090.22631020.19162805X-RAY DIFFRACTION98
2.0909-2.13940.2727920.18312767X-RAY DIFFRACTION98
2.1394-2.19280.25791000.1762803X-RAY DIFFRACTION98
2.1928-2.25190.2123960.16572852X-RAY DIFFRACTION98
2.2519-2.31790.24331000.16852834X-RAY DIFFRACTION98
2.3179-2.39240.1868970.16272869X-RAY DIFFRACTION98
2.3924-2.47760.17521000.15912909X-RAY DIFFRACTION98
2.4776-2.57630.21741000.15132893X-RAY DIFFRACTION98
2.5763-2.69290.21471010.14922888X-RAY DIFFRACTION98
2.6929-2.83390.15791040.14792921X-RAY DIFFRACTION98
2.8339-3.01010.24071000.14112947X-RAY DIFFRACTION98
3.0101-3.24040.2298990.12862975X-RAY DIFFRACTION98
3.2404-3.56240.17041030.11742978X-RAY DIFFRACTION98
3.5624-4.06880.12621020.09882983X-RAY DIFFRACTION98
4.0688-5.09220.17141040.09093014X-RAY DIFFRACTION98
5.0922-14.92620.19781040.1323023X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2577-0.1087-0.26890.17810.15230.3116-0.03810.0399-0.03160.0096-0.03030.0366-0.0029-0.04470.04280.04930.00110.00650.0736-0.0370.080854.607140.119381.237
20.2714-0.1883-0.13420.26540.27850.4274-0.03310.018-0.03390.0371-0.02590.02780.0746-0.00380.0350.0815-0.00450.03010.0558-0.01070.072473.093620.248962.3948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA9 - 377
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB6 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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