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- PDB-3fc3: Crystal structure of the beta-beta-alpha-Me type II restriction e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fc3
タイトルCrystal structure of the beta-beta-alpha-Me type II restriction endonuclease Hpy99I
要素
  • 5'-(*DCP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DTP*DAP*DGP*DA)-3'
  • 5'-(*DTP*DAP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DC)-3'
  • Restriction endonuclease Hpy99I
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / HPY99I / PSEUDOPALINDROME / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #130 / Restriction endonuclease, SH3 domain / His-Me finger endonuclease, beta4-alpha2 domain / His-Me finger endonuclease beta4-alpha2 domain / Restriction endonuclease SH3 domain / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / His-Me finger endonuclease fold ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #130 / Restriction endonuclease, SH3 domain / His-Me finger endonuclease, beta4-alpha2 domain / His-Me finger endonuclease beta4-alpha2 domain / Restriction endonuclease SH3 domain / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / His-Me finger endonuclease fold / His-Me finger superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the beta beta alpha-Me type II restriction endonuclease Hpy99I with target DNA.
著者: Sokolowska, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of T4 endonuclease VII resolving a Holliday junction.
著者: Biertumpfel, C. / Yang, W. / Suck, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: DNA binding and cleavage by the nuclear intron-encoded homing endonuclease I-PpoI.
著者: Flick, K.E. / Jurica, M.S. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2008年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease Hpy99I
B: Restriction endonuclease Hpy99I
C: 5'-(*DCP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DTP*DAP*DGP*DA)-3'
D: 5'-(*DTP*DAP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,76912
ポリマ－52,2444
非ポリマー5258
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.089, 90.089, 334.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Biological unit contains protein chains A and B, DNA strands C and D. THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Restriction endonuclease Hpy99I


分子量: 22768.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: synthetic gene (NCBI-GeneID:890139) codon optimized for Escherichia coli
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99
遺伝子: jhp_0755, synthetic gene codon optimized for Escherichia coli
プラスミド: pET15bmod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9ZL26

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-(*DCP*DTP*DCP*DGP*DAP*DCP*DGP*DTP*DAP*DGP*DA)-3'


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖 5'-(*DTP*DAP*DCP*DGP*DTP*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DC)-3'


分子量: 3349.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

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非ポリマー , 4種, 402分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細1. THE COORDINATION SPHERES PROVIDED AUTOMATICALLY AS REMARK 620 HAVE BEEN SKIPPED UPON AUTHOR'S ...1. THE COORDINATION SPHERES PROVIDED AUTOMATICALLY AS REMARK 620 HAVE BEEN SKIPPED UPON AUTHOR'S REQUEST BECAUSE THESE RECORDS MAKE A FALSE IMPRESSION THAT THE SODIUM IS OCTA-COORDINATED. THE CORRECT RECORDS ARE PROVIDED IN THE MMCIF FILE IN CATEGORY _DATABASE_PDB_REMARK. 2. THE LINK RECORDS THAT INVOLVE ZN AND NA IONS HAVE BEEN REMOVED UPON AUTHOR'S REQUEST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/Sodium hydroxide pH 6.5, 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Lithium sulfate, 30 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2Sodium hydroxide11
3Sodium chloride11
4Lithium sulfate11
5PEG 40011
6MES12
7Sodium hydroxide12
8Sodium chloride12
9Lithium sulfate12
10PEG 40012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97982 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 51564 / Num. obs: 51564 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.99 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.95 % / Mean I/σ(I) obs: 4.48 / Num. unique all: 3874 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO SUGAR PUCKER CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20533 2654 5.1 %RANDOM
Rwork0.18084 ---
all0.18212 51564 --
obs0.18212 51564 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20.44 Å20 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 363 20 394 3751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2242.1995453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.91736247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6335395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99624.722144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15415598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8121521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1060.21565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3040.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6871.51925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26323130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74532010
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6624.52323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 185 -
Rwork0.234 3657 -
obs-3842 99.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1687-0.4824-0.17772.49-0.53552.05440.02280.0612-0.0263-0.13720.0107-0.12220.08720.1593-0.0335-0.04270.018-0.0071-0.0691-0.0164-0.01352.65416.229114.446
20.8766-0.5012-0.84850.74940.98991.3717-0.1307-0.1114-0.05680.10590.0933-0.01050.23830.2180.03740.01420.0268-0.0139-0.07720.0029-0.0296-8.54115.134134.469
30.2477-0.3117-0.15040.40910.33041.27170.1197-0.22710.1738-0.05260.0999-0.0701-0.23830.2488-0.21950.0257-0.04180.03450.0098-0.0703-0.0216-9.91735.179144.17
42.74440.56450.99570.76660.38462.1184-0.0378-0.1890.11690.1184-0.02360.0477-0.0724-0.16760.06140.01450.01580.00550.008-0.0193-0.0241-34.88441.309164.546
51.4182-0.2256-1.45750.60180.26991.50050.07760.064-0.0260.0113-0.11840.0639-0.0669-0.33620.0408-0.0030.0127-0.00820.0149-0.0173-0.0169-31.57429.973144.372
60.67850.006-0.27280.3470.45351.41560.2055-0.03580.1469-0.1489-0.0382-0.1251-0.3543-0.0334-0.16730.08040.00890.06-0.0898-0.0166-0.0263-13.21236.944134.113
71.071-0.5818-0.5880.56970.38531.9216-0.033-0.045-0.11680.064-0.00310.06630.0439-0.0940.0361-0.0422-0.00290.0105-0.0923-0.0145-0.0673-19.38723.525139.532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3A134 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5B55 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6B134 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7C-4 - 4
8X-RAY DIFFRACTION7D-4 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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