PDB-3fbs: The crystal structure of the oxidoreductase from Agrobacterium tu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fbs

タイトル

The crystal structure of the oxidoreductase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the oxidoreductase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fbs.cif.gz	132.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fbs.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fbs_validation.pdf.gz	959.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fbs_full_validation.pdf.gz	972 KB	表示
XML形式データ	3fbs_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	3fbs_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3sxf-d 3n51-d 2bng-d 1dlc-d 4jnq-1 2ywy-d 2r83-d 3nyv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6127

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.190, 95.190, 149.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 31901.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: str. C58 / 遺伝子: AGR_C_405, Atu0238, GI:17934154 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A9CKI7
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M NaHepes, 0.1M NaCl, 1.6M (NH4)2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月31日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2.15→80.32 Å / Num. all: 36135 / Num. obs: 36027 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.6 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 21.42

反射シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / 冗長度: 16.9 % / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 2755 / % possible all: 99.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→80.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 8.991 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.191
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23626	1896	5 %	RANDOM
R_work	0.18755	-	-	-
obs	0.18996	36027	99.7 %	-
all	-	36135	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→80.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4431	0	123	325	4879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	4661
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.905	1.983	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.131	3.001	7592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.617	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.474	22.308	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.612	15	731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.079	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.097	1.5	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.289	1.5	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.029	2	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.391	3	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.489	4.5	1714

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	139	-
R_work	0.192	2609	-
obs	-	2748	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 45.538 Å / Origin y: 53.447 Å / Origin z: 12.563 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1005 Å²	-0.023 Å²	-0.0147 Å²	-	0.0654 Å²	0.017 Å²	-	-	0.0104 Å²
L	0.3856 °²	0.126 °²	-0.0403 °²	-	0.4134 °²	0.0678 °²	-	-	0.1959 °²
S	0.0199 Å °	-0.042 Å °	0.02 Å °	0.1169 Å °	-0.0438 Å °	-0.0069 Å °	-0.0762 Å °	0.0288 Å °	0.0239 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	151 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 250
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	251 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	51 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	1	B	101 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	1	B	151 - 200
11	X-RAY DIFFRACTION	1	B	201 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	1	B	251 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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