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- PDB-3fbi: Structure of the Mediator submodule Med7N/31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fbi
タイトルStructure of the Mediator submodule Med7N/31
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
キーワードTRANSCRIPTION / proline-rich stretches / right-handed four-helix bundle / protein-protein complex / nucleus / transcription regulation / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic gene conversion / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / DNA recombination / transcription by RNA polymerase II / DNA repair ...meiotic gene conversion / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / DNA recombination / transcription by RNA polymerase II / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1520 / Mediator of RNA polymerase II, submodule Med31 (Soh1) / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / SOH1 / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / MED7 protein / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1520 / Mediator of RNA polymerase II, submodule Med31 (Soh1) / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / SOH1 / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / MED7 protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Koschubs, T. / Seizl, M. / Lariviere, L. / Kurth, F. / Baumli, S. / Martin, D.E. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Identification, structure, and functional requirement of the Mediator submodule Med7N/31
著者: Koschubs, T. / Seizl, M. / Lariviere, L. / Kurth, F. / Baumli, S. / Martin, D.E. / Cramer, P.
履歴
登録2008年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2804
ポリマ－49,2804
非ポリマー00
水543
1
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6402
ポリマ－24,6402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
2
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6402
ポリマ－24,6402
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.620, 174.620, 117.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A and (resseq 20:41 or resseq 60:72)
21CHAIN C and (resseq 20:41 or resseq 60:72)
12CHAIN B and (resseq 20:96)
22CHAIN D and (resseq 20:96)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111TYRTYRALAALAAA20 - 4120 - 41
121THRTHRPROPROAA60 - 7260 - 72
211TYRTYRALAALACC20 - 4120 - 41
221THRTHRPROPROCC60 - 7260 - 72
112ASNASNILEILEBB20 - 9620 - 96
212ASNASNILEILEDD20 - 9620 - 96

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator complex subunit 7


分子量: 9422.249 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 2-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cloned residues 1-83
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED7 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q08278
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator complex subunit 31 / Hpr1 suppressor protein 1


分子量: 15217.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED31, SOH1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P38633
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM MES pH 5.6, 1.8M Li2SO4, 10mM MgCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 17033 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 74.219 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. measured obs: 48263 / Num. unique all: 5275 / Num. unique obs: 5275 / % possible all: 98

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.9 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.38 / 反射: 15335
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.2360.5020.0211.362
2Se600.2180.3610.1331.319
3Se600.4380.1350.0150.983
4Se600.1160.5740.0580.952
5Se600.5080.040.0190.419
6Se21.2120.4580.0230.0210.145
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.65-200.5832
6.36-9.650.531291
5.06-6.360.51632
4.32-5.060.461892
3.83-4.320.412130
3.48-3.830.362343
3.21-3.480.282513
2.99-3.210.222702
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.55 / 反射: 15336 / Reflection acentric: 14259 / Reflection centric: 1077
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.3-19.9690.950.970.88649539110
5.2-8.30.890.910.7420761864212
4.1-5.20.880.890.7225872388199
3.6-4.10.770.780.6125952433162
3.1-3.60.530.540.3245994344255
2.9-3.10.310.310.1428302691139

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.969 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / σ(F): 2.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 860 5.05 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 17033 99.83 %-
all-17062 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.171 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 213.53 Å2 / Biso mean: 85.619 Å2 / Biso min: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.366 Å20 Å20 Å2
2---1.366 Å20 Å2
3---2.732 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 0 3 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0413420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.274931
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A286X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.756
12C286X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.756
21B653X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.634
22D653X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.634
LS精密化 シェル解像度: 2.8001→2.975 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3403 142
Rwork0.3074 -
obs-2655
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12841.57470.51061.1140.82310.48460.1712-0.2975-0.05720.2085-0.297-0.15060.13090.07910.12390.5079-0.0199-0.03290.47350.03320.41229.890293.095835.0318
20.84141.21710.43712.32070.60610.41230.1654-0.03650.08450.4437-0.2657-0.04970.0929-0.02610.09040.3281-0.0899-0.06110.3699-0.02130.351131.400695.246732.257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A OR BA0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B OR DB0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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