PDB-3faw: Crystal Structure of the Group B Streptococcus Pullulanase SAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3faw

タイトル

Crystal Structure of the Group B Streptococcus Pullulanase SAP

要素

Reticulocyte binding protein

キーワード

HYDROLASE / TIM BARREL / BETA BARREL / Cell wall / Peptidoglycan-anchor / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #1220 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus agalactiae COH1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gourlay, L.J.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Group B Streptococcus pullulanase crystal structures in the context of a novel strategy for vaccine development
著者: Gourlay, L.J. / Santi, I. / Pezzicoli, A. / Grandi, G. / Soriani, M. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2008年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3faw.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3faw.ent.gz	136.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3faw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3faw_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3faw_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	3faw_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	3faw_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3faw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3faw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3faxC 2fgzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fax-d 3epl-2 5oiz-d 7dq4-d 5hvh-d 6ilo-d 4yrs-1 3epk-3 4yrf-1 3epl-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Reticulocyte binding protein

ヘテロ分子

98.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.949, 102.834, 172.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Reticulocyte binding protein 分子量: 98557.578 Da / 分子数: 1 断片: N2, N3, A and C pullulanase domains, UNP residues 346-1215 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae COH1 (バクテリア) 遺伝子: SAN_1346 / プラスミド: pET21-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3DB05
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG3K, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 140381 / Num. obs: 49187 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7315 / R_sym value: 0.258 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FGZ

2fgz

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 8.624 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23504	2514	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19366	-	-	-
obs	0.19576	46648	94.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.368 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6145	0	9	439	6593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.981	1.952	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	10378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.96	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.26	25.169	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.107	15	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.195	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.094	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.172	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	2	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.222	2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.441	3	6253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.184	4	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.039	6	2243

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	179	-
R_work	0.204	3538	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5328	0.3946	0.5653	1.274	0.4365	1.0299	-0.0335	0.1289	-0.0296	-0.0098	0.055	-0.1404	0.0876	0.1691	-0.0215	-0.0073	0.0051	-0.0076	-0.0064	0.0162	-0.0259	19.772	31.3678	-36.146
2	0.1656	0.0224	-0.0044	0.2367	-0.0275	0.7162	0.0053	-0.0017	-0.0183	0.0172	0.0173	0.0096	0.0428	0.0005	-0.0226	-0.0517	0.0114	-0.0049	-0.027	0.0042	-0.0292	-7.888	2.9727	-17.9105
3	0.2419	0.0767	-0.093	0.8484	-0.1712	0.8763	0.0181	-0.0585	0.0291	0.0786	0.0134	0.091	-0.0383	-0.1604	-0.0315	-0.0124	0.0205	0.0187	0.0277	0.0185	-0.0425	-19.1153	7.3455	17.8056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	382 - 476
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	477 - 1053
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1054 - 1160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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