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万見
- PDB-3fah: Glycerol inhibited form of Aldehyde oxidoreductase from Desulfovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fah
タイトルGlycerol inhibited form of Aldehyde oxidoreductase from Desulfovibrio gigas
要素Aldehyde oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MO-glycerol adduct / FAD / Flavoprotein / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Molybdenum / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) / aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding ...Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-PCD / Aldehyde oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Santos-Silva, T. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Kinetic, structural, and EPR studies reveal that aldehyde oxidoreductase from Desulfovibrio gigas does not need a sulfido ligand for catalysis and give evidence for a direct Mo-C ...タイトル: Kinetic, structural, and EPR studies reveal that aldehyde oxidoreductase from Desulfovibrio gigas does not need a sulfido ligand for catalysis and give evidence for a direct Mo-C interaction in a biological system.
著者: Santos-Silva, T. / Ferroni, F. / Thapper, A. / Marangon, J. / Gonzalez, P.J. / Rizzi, A.C. / Moura, I. / Moura, J.J. / Romao, M.J. / Brondino, C.D.
履歴
登録2008年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,79213
ポリマ－97,1411
非ポリマー1,65212
水19,9611108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,58426
ポリマ－194,2812
非ポリマー3,30324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area8820 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area55450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.560, 142.560, 161.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1007-

HOH

21A-1577-

HOH

31A-1952-

HOH

41A-2003-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aldehyde oxidoreductase / Molybdenum iron sulfur protein


分子量: 97140.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア)
参照: UniProt: Q46509, aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)

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非ポリマー , 6種, 1120分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-PCD / (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V) / MOLYBDENUM COFACTOR / MOCO


分子量: 844.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26MoN8O16P2S2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: isopropanol, MgCl2, pH 7.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→123.09 Å / Num. obs: 101724 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 6.158
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.72-1.813.90.4461.757480147630.44699.8
1.81-1.9240.3052.456278139770.30599.9
1.92-2.063.90.2013.651179131930.201100
2.06-2.223.80.154.746675123110.15100
2.22-2.433.90.1275.143611113210.12799.8
2.43-2.7240.16.441513102650.199.5
2.72-3.144.10.07783742590410.07798.9
3.14-3.854.20.05810.33177876530.05898
3.85-5.444.10.0511.32434659050.0596.6
5.44-28.923.90.035141269132950.03592.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.98 Å
Translation2.5 Å26.98 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 101626
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.32-10027.40.696651
6.59-9.3227.40.8311203
5.38-6.5926.80.8261520
4.66-5.3821.80.8591807
4.17-4.6621.10.8642036
3.81-4.1720.90.852250
3.52-3.8122.90.8062439
3.3-3.5224.10.82636
3.11-3.324.90.7822797
2.95-3.11260.782945
2.81-2.9527.40.7713122
2.69-2.8126.70.7713253
2.59-2.6926.60.783393
2.49-2.5927.80.7873525
2.41-2.4926.60.783662
2.33-2.4127.60.783771
2.26-2.3327.10.7743881
2.2-2.26270.7884020
2.14-2.227.60.7754129
2.08-2.1428.50.7684246
2.03-2.0829.90.7594306
1.99-2.0330.10.7624448
1.94-1.9929.90.774513
1.9-1.9431.50.7694640
1.86-1.9320.7694734
1.83-1.8633.50.7654768
1.79-1.8333.20.7774947
1.76-1.79360.764954
1.72-1.7642.20.7037030

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VLB

1vlb


解像度: 1.72→26.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.191 / WRfactor Rwork: 0.157 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / SU Rfree: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 5078 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 101625 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.89 Å2 / Biso mean: 26.097 Å2 / Biso min: 10.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.1 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→26.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6814 0 79 1108 8001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9759740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4845932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56424.898294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.267151156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4911530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.23815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24878
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.54657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90327296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67732827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6024.52426
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.63938
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.81835
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.86239
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 344 -
Rwork0.243 7109 -
all-7453 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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