PDB-3fa4: Crystal structure of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isoci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fa4

タイトル

Crystal structure of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isocitrate lyase superfamily member, triclinic crystal form

要素

2,3-dimethylmalate lyase

キーワード

LYASE / alpha/beta barrel / HELIX SWAPPING

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Narayanan, B.C. / Herzberg, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isocitrate lyase superfamily member.
著者: Narayanan, B. / Niu, W. / Joosten, H.J. / Li, Z. / Kuipers, R.K. / Schaap, P.J. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.

履歴

登録	2008年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fa4.cif.gz	633.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fa4.ent.gz	521.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fa3SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fa3-4 3fa3-2 3lye-1 3fa3-1 3fa3-3 3m0j-1 3m0k-1 3eoo-2 1mum-1 3eoo-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dimethylmalate lyase

B: 2,3-dimethylmalate lyase

C: 2,3-dimethylmalate lyase

D: 2,3-dimethylmalate lyase

E: 2,3-dimethylmalate lyase

F: 2,3-dimethylmalate lyase

G: 2,3-dimethylmalate lyase

H: 2,3-dimethylmalate lyase

I: 2,3-dimethylmalate lyase

J: 2,3-dimethylmalate lyase

K: 2,3-dimethylmalate lyase

L: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

385 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-dimethylmalate lyase

B: 2,3-dimethylmalate lyase

C: 2,3-dimethylmalate lyase

D: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 2,3-dimethylmalate lyase

F: 2,3-dimethylmalate lyase

G: 2,3-dimethylmalate lyase

H: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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3

I: 2,3-dimethylmalate lyase

J: 2,3-dimethylmalate lyase

K: 2,3-dimethylmalate lyase

L: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.090, 115.470, 115.750
Angle α, β, γ (deg.)	119.66, 90.71, 96.28
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	2,3-dimethylmalate lyase 分子量: 32020.477 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: An07g08390 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2L887, EC: 4.1.3.32
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→46.83 Å / Num. all: 170912 / Num. obs: 170912 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 8280 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FA3

3fa3

解像度: 2.18→46.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.722 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	8603	5 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.204	170843	93.2 %	-
all	-	170912	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.18 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.18 Å²	-0.11 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25258	0	12	1162	26432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	25620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.963	34691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.867	5	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.985	23.302	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.356	15	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.911	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	19306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	12152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	17298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.165	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.85	1.5	17509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.278	2	26864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.311	3	9237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.352	4.5	7827

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	401	-
R_work	0.318	7879	-
obs	-	7879	61.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0785	0.0383	-0.1939	1.4488	-0.1519	0.5304	0.0033	-0.1067	-0.0151	0.0852	-0.0085	-0.0413	0.0631	-0.0137	0.0052	-0.0859	-0.0098	0.0199	-0.0793	0.0488	-0.1428	-3.6389	-60.5091	21.6696
2	0.8258	0.0992	-0.2717	1.7639	0.1129	1.0737	-0.0373	-0.0192	0.0389	-0.009	-0.024	0.0265	-0.0257	-0.0367	0.0614	-0.1904	0.0296	-0.0182	-0.0932	0.0079	-0.1107	-5.0968	-29.4089	15.5094
3	1.1111	0.0734	-0.0256	0.5658	0.38	1.8368	0.0064	-0.0901	-0.0001	0.0951	0.0265	-0.1403	0.0476	0.1232	-0.0329	-0.1537	0.0227	-0.0379	-0.0762	0.0384	-0.0544	29.3678	-45.5729	13.288
4	1.5563	0.0325	0.2198	0.7647	0.2511	1.1769	-0.0172	0.0501	0.018	-0.0843	0.0103	-0.0602	-0.0172	0.0345	0.0069	-0.1659	0.0245	0.0043	-0.1035	0.0479	-0.1598	10.3913	-48.7466	-11.6414
5	1.7183	0.4336	-0.2707	1.3773	-0.0263	0.6393	0.0372	0.0049	0.0856	-0.06	-0.0273	0.1155	-0.101	-0.0096	-0.0099	-0.105	0.027	-0.0125	-0.1065	0.0644	-0.1051	26.7888	33.0652	35.9993
6	1.0577	0.0864	-0.0022	2.7365	-0.2539	0.7711	0.0048	-0.0131	0.043	0.019	-0.067	0.3294	-0.0054	-0.0912	0.0622	-0.2062	0.0026	0.01	-0.0662	-0.0057	-0.068	7.5525	9.8073	45.3665
7	0.8776	-0.3224	-0.053	1.2805	0.1559	1.5612	-0.0029	-0.0077	-0.0358	-0.0163	0.0439	-0.0987	-0.0721	0.0084	-0.0411	-0.2122	0.0154	0.0048	-0.1091	0.0105	-0.1148	42.1478	-0.1827	32.803
8	1.1569	0.1086	0.221	0.2752	0.3999	1.4367	0.0186	-0.0547	0.053	0.0434	-0.0518	0.0199	-0.08	-0.0607	0.0333	-0.0686	0.031	-0.053	-0.0833	0.0532	-0.0847	40.0047	9.9473	63.014
9	0.9281	-0.0887	-0.2	1.1369	-0.1692	1.575	0.0674	0.0444	-0.0979	-0.0856	0.0301	-0.1374	0.0833	0.1669	-0.0975	0.104	0.0332	-0.0262	0.0162	0.0243	0.0439	-5.5919	-65.0623	73.4971
10	0.852	-0.4728	-0.0543	1.3357	0.3577	1.4311	0.0559	0.01	0.0118	0.0161	-0.0173	-0.0109	0.0779	0.0125	-0.0386	0.0576	-0.0336	0.0235	-0.0004	0.0528	-0.0259	-19.9186	-46.1065	95.1658
11	0.7257	-0.0622	-0.0813	1.6463	0.0793	0.3512	0.0667	-0.0486	-0.0635	0.0157	0.0115	-0.1136	0.063	0.0091	-0.0782	0.0277	-0.0196	0.0565	0.0209	0.0242	-0.035	-4.3231	-29.341	64.1133
12	1.4369	0.7598	-0.1335	1.1643	-0.0865	0.8477	-0.0035	0.0581	0.027	-0.0313	-0.0213	0.1433	0.004	-0.1084	0.0249	0.0287	0.0069	0.0153	0.0276	-0.0054	0.0206	-33.2994	-42.1371	61.0899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 292
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 294
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 292
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	4 - 292
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 292
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	5 - 293
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	5 - 292

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