PDB-3fa1: Crystal Structure of Tellurium Derivatized DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fa1

タイトル

Crystal Structure of Tellurium Derivatized DNA

要素

5'-D(*DGP*(UMS)P*DGP*(TTI)P*DAP*DCP*DAP*DC)-3'

キーワード

DNA / Tellurium DNA

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sheng, J. / Tatsuya, M. / Hassan, A.E. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Tellurium Derivatized DNA
著者: Sheng, J. / Tatsuya, M. / Hassan, A.E. / Huang, Z.

履歴

登録	2008年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fa1.cif.gz	14.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fa1.ent.gz	7.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fa1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fa1_validation.pdf.gz	336.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fa1_full_validation.pdf.gz	336.4 KB	表示
XML形式データ	3fa1_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	3fa1_validation.cif.gz	1.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dnsS 2gpx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ijn-1 3hg8-1 2gpx-1 3bm0-1 2hc7-1 1d82-1 1z7i-1 3ana-d 3r1c-1 4i1g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*DGP*(UMS)P*DGP*(TTI)P*DAP*DCP*DAP*DC)-3'

2.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*DGP*(UMS)P*DGP*(TTI)P*DAP*DCP*DAP*DC)-3'

登録者が定義した集合体
5.24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.695, 42.695, 24.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(DGP(UMS)PDGP(TTI)PDAPDCPDAPDC)-3' 分子量: 2619.151 Da / 分子数: 1 / 変異: Tellurium modified deoxy-Uridine / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Tellurium contained DNA
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.61 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD,sodium cacodylate,spermine tetra-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	Sodium cacodylate	1	1
3	Spermine tetra-HCl	1
4	MPD	1	2
5	Sodium cacodylate	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月12日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→18.89 Å / Num. obs: 3659 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 50 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 8.63 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 14.9 / Scaling rejects: 239

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.5-1.55	5.3	0.427	2.4	1469	277	0.42	74.9
1.55-1.62	6.5	0.311	3.5	2128	327	0.49	85.2
1.62-1.69	8.4	0.224	5.1	3022	359	0.54	96.2
1.69-1.78	9.47	0.176	6.6	3563	376	0.58	99.2
1.78-1.89	9.49	0.195	7.6	3644	383	0.7	99.7
1.89-2.04	9.36	0.137	9.8	3546	378	0.68	98.7
2.04-2.24	9.43	0.144	11	3583	378	0.83	98.7
2.24-2.56	9.5	0.111	13.2	3665	384	0.87	99.2
2.56-3.23	9.28	0.073	24	3642	389	1.25	97.5
3.23-18.89	8.37	0.052	54.2	3558	408	2.43	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9BNLDz	data processing
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

開始モデル: 1DNS

1dns

解像度: 1.5→18.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE BIJVOET PAIRS WERE USED IN PHASING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	691	10.1 %	Random
R_work	0.193	-	-	-
all	0.1947	-	-	-
obs	0.1947	783	93.8 %	-

溶媒の処理

B_sol: 54.275 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.55 Å² / B_iso mean: 22.409 Å² / B_iso min: 14.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.602 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.602 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.204 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	162	0	28	190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	0.694
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.545	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	0	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.115	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep_jia.param	dna-rna_jia.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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