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- PDB-3f9z: Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f9z
タイトルStructural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y245F / H4-Lys20 / AdoHcy
要素
  • Histone H4
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / histone / SET / lysine / Alternative splicing / Cell cycle / Cell division / Chromatin regulator / Chromosomal protein / Coiled coil / Mitosis / Nucleus / Repressor / S-adenosyl-L-methionine / Transcription / Transcription regulation / Acetylation / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...lysine N-methyltransferase activity / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone methyltransferase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / regulation of signal transduction by p53 class mediator / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. ...Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone H4 / N-lysine methyltransferase KMT5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Couture, J.-F. / Dirk, L.M.A. / Brunzelle, J.S. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural origins for the product specificity of SET domain protein methyltransferases.
著者: Couture, J.F. / Dirk, L.M. / Brunzelle, J.S. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
C: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
E: Histone H4
F: Histone H4
G: Histone H4
H: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,77312
ポリマ－80,2358
非ポリマー1,5384
水10,611589
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
F: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－20,0592
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
E: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－20,0592
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
3
C: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
G: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－20,0592
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-6.2 kcal/mol
Surface area9410 Å2
手法PISA
4
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
H: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－20,0592
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-6.5 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.990, 45.550, 94.410
Angle α, β, γ (deg.)89.37, 87.09, 90.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase SETD8 / H4-K20-HMTase SETD8 / SET domain-containing protein 8 / PR/SET domain-containing protein 07 / ...H4-K20-HMTase SETD8 / SET domain-containing protein 8 / PR/SET domain-containing protein 07 / PR/SET07 / PR-Set7 / Lysine N-methyltransferase 5A


分子量: 18774.258 Da / 分子数: 4 / 断片: SET domain: UNP residues 232-393 / 変異: Y245F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD8, KMT5A, PRSET7, SET07, SET8 / プラスミド: pHis2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NQR1, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H4


分子量: 1284.557 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-25 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide corresponding to residues 16-25 of human histone H4
参照: UniProt: P62805
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 90904 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Rsym value: 0.173

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZKK

1zkk


解像度: 1.6→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.232 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25697 4612 5 %RANDOM
Rwork0.21571 ---
obs0.21776 87679 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.01 Å20.03 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5422 0 104 589 6115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.997538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4915661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.26323.478276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.173151070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2581550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23772
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9811.53451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41825322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30132496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2344.52216
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 334 -
Rwork0.259 6337 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7675-3.7949-0.55599.8416-0.42795.1239-0.3209-0.6510.09550.30790.2758-0.42550.39710.43830.04510.03570.07440.00140.1950.0210.137524.1671-14.7385-11.1661
26.9161-2.07370.84833.7275-2.53533.1546-0.00540.09560.2402-0.289-0.1153-0.7269-0.03480.31440.12080.0139-0.04440.0420.06460.00570.185320.9769-1.5437-18.7326
32.4001-1.68540.15292.85720.55371.1174-0.01650.11650.1387-0.14410.0299-0.193-0.09120.0897-0.01340.0507-0.01640.01050.05570.0340.00832.8486-2.0395-26.8188
41.17470.1976-0.1115.37941.02812.24080.0181-0.02990.06890.09710.0899-0.2666-0.12640.0807-0.1080.019-0.015-0.00140.06470.02430.040612.016-3.5883-16.9548
54.4166-2.7994-1.96578.08643.0145.34760.1552-0.08050.1368-0.4884-0.02830.3165-0.96580.1472-0.12690.2172-0.06860.0010.0562-0.02440.07158.05314.2551-3.3239
63.4341.27992.52181.43071.22264.8683-0.2333-0.26690.50290.0289-0.01060.1006-0.836-0.17150.24390.12830.019-0.03360.019-0.02680.03324.53519.0755-7.7978
71.74620.51190.31170.82260.41123.1953-0.067-0.10510.1847-0.0577-0.0275-0.0872-0.37180.16220.09450.0426-0.0077-0.00470.00470.0260.01276.65114.6416-13.2733
87.02193.08254.00981.77381.87495.31810.1149-0.2408-0.06580.1503-0.0625-0.25680.03430.2189-0.05240.0212-0.0015-0.03160.0659-0.00620.025314.8939-2.5545-8.7222
91.1252-0.30460.09291.89110.71123.1233-0.0414-0.1199-0.05030.08530.0445-0.0086-0.0853-0.0879-0.0030.0188-0.00760.00230.03710.0218-0.01811.2927-5.5649-14.7132
109.74920.31491.74753.1473-2.18118.6583-0.0607-0.015-0.31440.11120.14940.3416-0.3842-0.8906-0.08870.01940.05260.01360.15720.01820.0052-10.66350.5384-10.6677
113.7465-6.0927-4.835513.48773.805421.176-0.4987-0.3664-0.62891.15110.33920.0890.25860.18860.15950.13630.1228-0.1427-0.0191-0.04370.2177-22.35837.012735.1854
123.18090.4845-3.66822.4661-1.05978.08090.19470.2753-0.00160.16090.10550.4744-0.1671-0.4868-0.3002-0.00120.048-0.0050.0835-0.0110.2435-20.76114.683618.9986
132.0618-1.0453-1.78412.14861.13622.16650.02310.06580.1831-0.1380.032-0.0919-0.3146-0.0523-0.05510.05410.0195-0.02940.0280.00560.0095-2.55889.8969.308
140.14941.00130.43176.74422.62043.62510.033-0.0060.0480.1765-0.18750.1685-0.025-0.06290.15450.02140.0282-0.01840.0747-0.02560.027-10.25135.862220.5165
151.9991-1.1806-0.52514.18590.50851.4215-0.04230.1772-0.3259-0.2578-0.04060.26310.3636-0.30340.08290.1149-0.06480.00110.0895-0.04130.0436-10.7825-15.699110.0955
161.23110.5986-0.85161.3473-1.55933.3587-0.12020.1359-0.1504-0.24980.06770.02380.3436-0.21680.05250.0746-0.03090.00450.0282-0.02110.022-7.2629-12.449510.5549
174.4014-0.30910.47961.7880.27742.3787-0.07380.0943-0.0551-0.09880.03720.0581-0.109-0.24060.03660.02490.005-0.0090.01880.0043-0.0245-5.42910.87369.7083
1810.35198.2397-0.12718.6052-0.09981.28150.2563-0.32120.09620.4476-0.1970.35520.0533-0.1541-0.05930.014-0.00480.01080.01810.00080.0083-12.0611-2.522721.6155
190.5683-0.1433-0.76342.55640.51221.087-0.0406-0.05840.01470.08650.0005-0.1163-0.01860.06780.04020.00820.0049-0.03550.0118-0.0042-0.00781.01141.902218.4094
202.7471-1.3429-0.357510.63280.03164.0685-0.0806-0.08390.1916-0.1735-0.1417-0.8740.27290.49120.22230.00030.03290.03860.0680.05250.125810.0122-6.714312.4079
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322.1597-0.6790.47851.06760.32351.95580.05070.19770.0411-0.10010.0202-0.1453-0.01180.224-0.07090.0166-0.00570.0122-0.00090.01210.02695.703423.4443-70.7853
331.7884-1.9611.88964.25810.20844.46360.17140.1399-0.2511-0.10430.0011-0.11590.20950.2133-0.17250.00970.0249-0.00790.0201-0.00940.09528.93513.6241-69.5219
340.6851-0.5475-0.69421.04661.14184.10510.0527-0.15070.14870.09480.0062-0.1193-0.35420.0948-0.0590.0583-0.0243-0.01250.0277-0.01640.04915.503133.3604-54.909
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362.491-0.71061.42952.2769-1.12223.6744-0.0048-0.27360.06040.1009-0.0051-0.1296-0.20320.12860.00990.0104-0.0174-0.00380.0471-0.00780.01473.998430.4413-53.221
372.79350.3339-1.24152.8896-0.07532.46970.0323-0.0732-0.0526-0.0616-0.0936-0.1888-0.0110.07650.0613-0.00880.004-0.0236-0.01440.0114-0.0035-0.135825.4931-66.0326
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391.5595-0.20950.56732.2420.61331.89020.0263-0.0185-0.17290.01890.0438-0.06060.18040.034-0.07010.0074-0.0028-0.0134-0.02080.01110.02750.171315.1059-66.2811
402.6319-0.0203-0.77282.57920.92217.384-0.1196-0.0029-0.07960.1023-0.00260.25250.1656-0.35870.1222-0.0023-0.0175-0.00030.05570.01250.022-13.146621.9792-55.4216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A193 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2A206 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3A216 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4A236 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5A249 - 259
6X-RAY DIFFRACTION6A260 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7A278 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8A304 - 318
9X-RAY DIFFRACTION9A319 - 343
10X-RAY DIFFRACTION10A344 - 352
11X-RAY DIFFRACTION11B192 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12B203 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13B217 - 235
14X-RAY DIFFRACTION14B236 - 245
15X-RAY DIFFRACTION15B246 - 259
16X-RAY DIFFRACTION16B260 - 288
17X-RAY DIFFRACTION17B289 - 301
18X-RAY DIFFRACTION18B302 - 321
19X-RAY DIFFRACTION19B322 - 341
20X-RAY DIFFRACTION20B342 - 352
21X-RAY DIFFRACTION21C193 - 207
22X-RAY DIFFRACTION22C208 - 230
23X-RAY DIFFRACTION23C231 - 248
24X-RAY DIFFRACTION24C249 - 260
25X-RAY DIFFRACTION25C261 - 270
26X-RAY DIFFRACTION26C271 - 288
27X-RAY DIFFRACTION27C289 - 302
28X-RAY DIFFRACTION28C303 - 313
29X-RAY DIFFRACTION29C314 - 338
30X-RAY DIFFRACTION30C339 - 352
31X-RAY DIFFRACTION31D192 - 204
32X-RAY DIFFRACTION32D205 - 232
33X-RAY DIFFRACTION33D233 - 242
34X-RAY DIFFRACTION34D243 - 256
35X-RAY DIFFRACTION35D257 - 268
36X-RAY DIFFRACTION36D269 - 288
37X-RAY DIFFRACTION37D289 - 303
38X-RAY DIFFRACTION38D304 - 321
39X-RAY DIFFRACTION39D322 - 337
40X-RAY DIFFRACTION40D338 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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