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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f9q | ||||||
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タイトル | Re-refinement of uncomplexed plasmepsin II from Plasmodium falciparum. | ||||||
![]() | Plasmepsin-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Aspartyl protease / Glycoprotein / Protease / Vacuole / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robbins, A.H. / Mckenna, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic evidence for noncoplanar catalytic aspartic acids in plasmepsin II resides in the Protein Data Bank. 著者: Robbins, A.H. / Dunn, B.M. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R. #1: ![]() タイトル: Novel uncomplexed and complexed structures of plasmepsin II, an aspartic protease from Plasmodium falciparum. 著者: Asojo, O.A. / Gulnik, S.V. / Afonina, E. / Yu, B. / Ellman, J.A. / Haque, T.S. / Silva, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lf4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | 1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36909.617 Da / 分子数: 1 / 変異: M205S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.8 Å / Num. obs: 29457 / Observed criterion σ(F): 0 |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.2 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1LF4 解像度: 1.9→19.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.8 Å
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拘束条件 |
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