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- PDB-3f95: Crystal Structure of Extra C-terminal Domain (X) of Exo-1,3/1,4-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f95
タイトルCrystal Structure of Extra C-terminal Domain (X) of Exo-1,3/1,4-beta-glucanase (ExoP) from Pseudoalteromonas sp. BB1
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ExoP, galactose-binding-like domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding lectin / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain ...ExoP, galactose-binding-like domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding lectin / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakatani, Y. / Cutfield, S.M. / Cutfield, J.F.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Structure and activity of exo-1,3/1,4-beta-glucanase from marine bacterium Pseudoalteromonas sp. BB1 showing a novel C-terminal domain
著者: Nakatani, Y. / Cutfield, S.M. / Cowieson, N.P. / Cutfield, J.F.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8297
ポリマ－42,6522
非ポリマー1775
水7,764431
1
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3973
ポリマ－21,3261
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4324
ポリマ－21,3261
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.416, 87.882, 56.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1AA632 - 8134 - 185
2BB634 - 8136 - 185

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 21325.889 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 657-840 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
株: BB1 / 遺伝子: exoP / プラスミド: pET21(d) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q0QJA3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-NaOH, pH6.5, 25% PEG6000, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→21.75 Å / Num. all: 34511 / Num. obs: 34484 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.257 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4916 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→21.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23391 1737 5 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
all0.19055 32837 --
obs0.19055 32712 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2641 0 5 431 3077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.9693760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1135366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4625.315111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77915495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1561512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9731.51846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61822852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28931063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.514.5899
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1297 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1medium positional0.380.5
2medium thermal1.052
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 134 -
Rwork0.241 2367 -
obs--98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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