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万見
- PDB-3f92: Crystal structure of ubiquitin-conjugating enzyme E2-25kDa (Hunti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f92
タイトルCrystal structure of ubiquitin-conjugating enzyme E2-25kDa (Huntington Interacting Protein 2) M172A mutant crystallized at pH 8.5
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K
キーワードLIGASE / Ubiquitin-Conjugating / Huntington Interacting / E2-25K / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K / E2(25K) / Ubiquitin-protein ligase / Ubiquitin carrier protein / Huntington-interacting protein 2 / HIP-2 / Alternative splicing / Cytoplasm / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / cellular response to interferon-beta / protein K48-linked ubiquitination ...free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / cellular response to interferon-beta / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vertebrate ubiquitin-conjugating enzyme E2 K, UBA domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily ...Vertebrate ubiquitin-conjugating enzyme E2 K, UBA domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Wilson, R.C. / Hughes, R.C. / Flatt, J.W. / Meehan, E.J. / Ng, J.D. / Twigg, P.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of full-length ubiquitin-conjugating enzyme E2-25K (huntingtin-interacting protein 2).
著者: Wilson, R.C. / Hughes, R.C. / Flatt, J.W. / Meehan, E.J. / Ng, J.D. / Twigg, P.D.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8356
ポリマ－28,2061
非ポリマー6295
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.817, 134.817, 38.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 K / E2 ubiquitin-conjugating enzyme K / Huntingtin-interacting protein 2 / HIP-2 / Ubiquitin carrier ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme K / Huntingtin-interacting protein 2 / HIP-2 / Ubiquitin carrier protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25K / Ubiquitin-protein ligase


分子量: 28205.840 Da / 分子数: 1 / 変異: M172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2K, HIP2, LIG / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61086, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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非ポリマー , 5種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Calcium acetate, Bicine, Tris-HCl, NaCl, PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 16794 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2.39 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34.057 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 1.272 / Net I/σ(I): 16.01
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.23-2.311.90.37714941.29788.8
2.31-2.42.50.31516221.05296
2.4-2.512.90.24416921.11199.2
2.51-2.643.10.19616961.093100
2.64-2.813.10.14316791.17199.9
2.81-3.033.10.10117051.393100
3.03-3.333.10.07116951.42100
3.33-3.813.10.05517271.42499.8
3.81-4.83.10.04917321.3899.9
4.8-5030.03617521.28998.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.57 Å42.63 Å
Translation2.57 Å42.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E46

3e46


解像度: 2.23→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.172 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 4.35 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / SU Rfree: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 852 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 15939 98.19 %-
all-16791 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.39 Å2 / Biso mean: 34.513 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 34 89 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0221668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.9782270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07832809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2445213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.44525.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0815282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.739158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.296
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1860.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0750.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5091.51093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3351.5402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27821684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2973693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1744.5580
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 49 -
Rwork0.245 1045 -
all-1094 -
obs--87.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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