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- PDB-3f8n: Crystal structure of PerR-Zn-Mn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f8n
タイトルCrystal structure of PerR-Zn-Mn
要素Peroxide operon regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helix-turn-helix / Cytoplasm / DNA-binding / Manganese / Oxidation / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peroxide operon regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Traore, D.A.K. / Ferrer, J.-L. / Jacquamet, L. / Duarte, V. / Latour, J.-M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of the active form of PerR: insights into the metal-induced activation of PerR and Fur proteins for DNA binding
著者: Jacquamet, L. / Traore, D.A.K. / Ferrer, J.-L. / Proux, O. / Testemale, D. / Hazemann, J.-L. / Nazarenko, E. / El Ghazouani, A. / Caux-Thang, C. / Duarte, V. / Latour, J.-M.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxide operon regulator
B: Peroxide operon regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1386
ポリマ－32,8972
非ポリマー2414
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.300, 63.340, 66.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 80.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B
22A
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUARGARGAA6 - 836 - 83
21LEULEUARGARGBB6 - 836 - 83
12ALAALAVALVALBB94 - 10394 - 103
22ALAALAVALVALAA94 - 10394 - 103
13GLUGLUGLYGLYAA114 - 122114 - 122
23GLUGLUGLYGLYBB114 - 122114 - 122
14VALVALVALVALAA125 - 135125 - 135
24VALVALVALVALBB125 - 135125 - 135

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 Peroxide operon regulator / PerR


分子量: 16448.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: perR / プラスミド: pET-30c(NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71086
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 1000, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 6901 / Num. obs: 6880 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.15→3.4 Å / 冗長度: 3.68 % / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. measured all: 1224 / Num. unique all: 1222 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FE3

2fe3


解像度: 3.15→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 34.028 / SU ML: 0.602 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.567 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; REMARK 500 SHOWS GEOMETRIC DISTORTIONS FOR SOME RESIDUES THAT ARE ALSO LISTED IN REMARK 480. BUT SINCE THEY HAVE BEEN ASSIGNED WITH ZERO ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; REMARK 500 SHOWS GEOMETRIC DISTORTIONS FOR SOME RESIDUES THAT ARE ALSO LISTED IN REMARK 480. BUT SINCE THEY HAVE BEEN ASSIGNED WITH ZERO OCCUPANCY, REMARK 500 CAN BE IGNORED FOR THEM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31494 354 5 %RANDOM
Rwork0.27454 ---
all0.27667 6725 --
obs0.27667 6725 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.421 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.87 Å20 Å20.68 Å2
2--7.73 Å20 Å2
3----4.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 4 1 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9312943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5755271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83123.774106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.82315324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7721511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2990.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21444
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.51376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08722163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6993869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1814.5780
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A304tight positional0.050.05
2B36tight positional0.050.05
3A36tight positional0.040.05
4A40tight positional0.030.05
1A271loose positional0.455
2B23loose positional0.55
3A28loose positional0.485
4A43loose positional0.535
1A304tight thermal4.790.5
2B36tight thermal4.110.5
3A36tight thermal5.670.5
4A40tight thermal2.110.5
1A271loose thermal4.6310
2B23loose thermal4.2210
3A28loose thermal5.4910
4A43loose thermal1.910
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 24 -
Rwork0.372 466 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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