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- PDB-3f7f: Structure of Nup120 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7f
タイトルStructure of Nup120
要素Nucleoporin NUP120
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / Nuclear Pore Complex / Macromolecular Assembly / Membrane Coat / Nucleocytoplasmic Transport / beta-propeller / alpha-helical solenoid domain / Coiled coil / mRNA transport / Nucleus / Protein transport / Translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / protein export from nucleus / protein import into nucleus / nuclear envelope / double-strand break repair / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoporin NUP120, helical domain / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup120/160
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nucleoporin NUP120
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seo, H.S. / Ma, Y. / Debler, E.W. / Blobel, G. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural and functional analysis of Nup120 suggests ring formation of the Nup84 complex.
著者: Seo, H.S. / Ma, Y. / Debler, E.W. / Wacker, D. / Kutik, S. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2008年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP120
B: Nucleoporin NUP120
C: Nucleoporin NUP120
D: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,93016
ポリマ－335,5234
非ポリマー2,40712
水00
1
A: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4824
ポリマ－83,8811
非ポリマー6023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4824
ポリマ－83,8811
非ポリマー6023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4824
ポリマ－83,8811
非ポリマー6023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4824
ポリマ－83,8811
非ポリマー6023
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Nucleoporin NUP120
B: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9658
ポリマ－167,7612
非ポリマー1,2046
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-32.6 kcal/mol
Surface area59970 Å2
手法PISA
6
C: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子

D: Nucleoporin NUP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9658
ポリマ－167,7612
非ポリマー1,2046
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3050 Å2
ΔGint-32.9 kcal/mol
Surface area59900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.680, 117.478, 146.287
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 89.77, 89.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nucleoporin NUP120 / Nuclear pore protein NUP120


分子量: 83880.680 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-729 / 変異: S207C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP120, RAT2, YKL057C, YKL314, YKL313 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P35729
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.0049
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.0049
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年7月26日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年7月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.0049 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 217205 / Num. obs: 208082 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.041
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 21664 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.254 18489
Rwork0.232 -
all0.232 190898
obs0.232 190898
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22864 0 12 0 22876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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