PDB-3f78: Crystal structure of wild type LFA1 I domain complexed with isoflurane

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f78

タイトル

Crystal structure of wild type LFA1 I domain complexed with isoflurane

要素

Integrin alpha-L

キーワード

CELL ADHESION / integrin / LFA1 / I domain / inactive conformation / wild type / volatile anesthetic / isoflurane / inhibitor of integrin / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Receptor / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhang, H. / Wang, J.-H.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of isoflurane bound to integrin LFA-1 supports a unified mechanism of volatile anesthetic action in the immune and central nervous systems.
著者: Zhang, H. / Astrof, N.S. / Liu, J.H. / Wang, J.H. / Shimaoka, M.

履歴

登録	2008年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f78.cif.gz	138.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f78.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f74C 1lfaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3f74-3 1r8o-d 3f74-1 2ica-d 4a0q-2 2o7n-d 3f74-2 3m6f-d 5gso-4 3bqm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (20) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (20)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrin alpha-L

B: Integrin alpha-L

C: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

63 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.679, 85.800, 63.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain / CD11 antigen-like family member A 分子量: 20739.766 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 153-332, VWFA domain, I domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD11A, integrin LFA1, ITGAL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物	ChemComp-ICF / 1-CHLORO-2,2,2-TRIFLUOROETHYL DIFLUOROMETHYL ETHER / ISOFLURANE / (S)-(+)-イソフルラン分子量: 184.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂ClF₅O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M sodium acetate pH7.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 10mM isoflurane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 76838 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 22.222

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	3.3	0.616	7043	0.69	1	90.4
1.66-1.72	4.2	0.537	7647	0.729	1	97.4
1.72-1.8	4.5	0.382	7641	0.76	1	97.9
1.8-1.9	4.6	0.251	7707	0.895	1	98.3
1.9-2.02	4.6	0.165	7695	1.055	1	98.5
2.02-2.17	4.6	0.119	7763	1.212	1	98.8
2.17-2.39	4.6	0.086	7771	1.176	1	99
2.39-2.74	4.6	0.068	7790	1.132	1	99.3
2.74-3.45	4.6	0.059	7863	1.409	1	99.6
3.45-50	4.5	0.043	7918	1.139	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LFA

1lfa

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.317 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	3872	5 %	RANDOM
R_work	0.153	-	-	-
obs	0.154	76778	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.85 Å² / B_iso mean: 22.764 Å² / B_iso min: 10.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	0 Å²	0.42 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4362	0	45	644	5051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.975	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3	7794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.673	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.488	25.333	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.202	15	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.474	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.714	2	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.193	2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.302	3	4462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.14	5	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.171	5	1740

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	233	-
R_work	0.25	4715	-
all	-	4948	-
obs	-	-	86.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0971	-0.4454	-0.348	2.0845	0.8998	1.5922	-0.0298	0.0766	0.0236	0.0643	-0.0443	0.2755	0.0452	-0.2477	0.074	-0.0177	-0.005	0.0024	0.03	0.0121	0.049	29.673	24.399	-2.575
2	2.06	-1.4694	-0.8991	1.8107	0.958	0.5824	0.1174	0.1748	0.103	-0.1774	-0.1073	0.1784	-0.184	-0.1152	-0.0102	0.0136	0.0208	-0.0117	0.0047	0.0171	0.0537	32.279	32.909	-5.094
3	1.311	-0.383	0.1143	1.3423	0.0355	0.9667	-0.0704	-0.1293	0.1687	0.2045	0.0467	0.0526	-0.1431	-0.0034	0.0238	0.0336	-0.0125	-0.003	0.0137	-0.0097	0.0409	39.866	30.178	4.751
4	1.5808	0.1211	-0.4508	0.7614	-0.3114	0.9767	-0.0145	-0.098	0.0135	0.0781	0.042	-0.0363	0.016	0.0166	-0.0275	0.0236	-0.0022	-0.0081	0.0219	-0.0007	0.0139	38.819	18.781	5.329
5	1.7489	-0.3218	-0.5407	2.5248	0.8348	1.9047	-0.0468	0.0148	-0.1574	0.0875	0.0886	-0.0927	0.1822	-0.0014	-0.0417	0.0285	-0.0104	-0.0062	0.028	0.0071	0.0318	38.28	9.622	7.645
6	1.3429	-1.7287	-1.7064	2.2253	2.1903	4.4203	0.0909	0.1604	-0.2293	-0.0933	-0.2222	0.3467	-0.0592	-0.537	0.1314	-0.0382	-0.03	-0.015	0.0305	-0.014	0.0288	24.828	14.541	1.587
7	1.4447	-0.4616	-0.2468	1.0513	-0.0225	0.8613	-0.0483	0.0686	-0.1526	-0.0103	-0.0087	-0.0346	0.252	0.0765	0.057	0.0414	0.059	0.0139	0.0303	-0.0098	-0.0151	30.278	3.104	35.183
8	0.7917	-0.4318	-0.5067	1.0244	-0.2488	1.3796	-0.0164	-0.0491	0.0517	0.0088	0.0029	-0.1585	-0.0035	0.2435	0.0135	-0.0101	0.0239	-0.012	0.0649	-0.011	-0.0109	33.431	15.229	34.338
9	3.7154	-0.4408	-1.1936	2.0737	0.0459	3.4642	-0.0579	-0.0633	0.2461	0.035	0.1039	-0.0541	-0.0345	-0.0163	-0.046	0.0392	0.0238	-0.0004	0.0497	-0.0009	-0.0011	26.335	15.566	27.343
10	1.6635	-0.2041	-1.0895	1.5089	-0.3664	2.6073	0.0057	0.1256	-0.0134	-0.0409	0.068	0.1885	0.0128	-0.3929	-0.0738	-0.0247	0.017	-0.0092	0.0781	0.0114	-0.0116	18.942	16.285	24.914
11	20.3293	6.2131	-8.8726	4.3707	-1.1358	6.8197	-0.3599	0.0883	-0.4319	-0.0856	-0.1062	0.2612	0.7398	-0.3413	0.466	0.0702	-0.0284	0.0337	-0.0424	-0.0036	-0.0203	27.113	3.444	18.948
12	1.2976	-0.7523	-0.0715	2.0245	0.1293	0.6564	0.0826	0.0738	0.1037	-0.0831	-0.0951	-0.0756	-0.068	-0.0463	0.0125	0.0082	0.0283	-0.0076	0.026	0.0095	0.0291	4.376	-3.089	0.021
13	1.767	-0.6464	-0.7848	1.3678	0.3851	1.8592	0.0926	0.1053	0.0195	-0.1101	-0.0765	0.0165	-0.0566	-0.0359	-0.0162	-0.0082	0.0389	-0.0259	0.0122	0.0056	0.0289	-1.071	1.511	-0.616
14	1.405	-0.9128	-0.3623	2.513	0.722	0.9723	-0.0092	0.0823	-0.109	0.0373	-0.0416	0.2919	0.0027	-0.1952	0.0509	-0.0232	0.0077	-0.006	0.0397	-0.0081	0.0258	-5.377	-6.902	5.469
15	2.4744	0.131	-0.4084	3.8636	0.2088	2.0122	-0.09	-0.2139	0.1385	0.3401	0.0733	-0.0075	-0.0444	-0.0868	0.0166	0.0314	0.0376	-0.0335	0.0414	-0.0283	-0.0081	1.012	-0.597	17.604
16	0.4543	-0.5739	0.2245	6.6407	-0.9934	1.499	-0.0497	-0.1345	0.2473	0.1802	-0.0349	-0.3838	-0.129	0.0647	0.0847	0.0002	0.0075	-0.022	-0.0006	-0.0207	0.0681	12.962	-3.991	11.788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	174 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	203 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	230 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	266 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	287 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	128 - 200
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	201 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	251 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	265 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	297 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	128 - 189
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	190 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	218 - 250
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	251 - 289
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	290 - 307

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)