PDB-3f74: Crystal structure of wild type LFA1 I domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f74

タイトル

Crystal structure of wild type LFA1 I domain

要素

Integrin alpha-L

キーワード

CELL ADHESION / integrin / LFA1 / I domain / inactive conformation / wild type / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Receptor / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, H. / Wang, J.-H.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of isoflurane bound to integrin LFA-1 supports a unified mechanism of volatile anesthetic action in the immune and central nervous systems.
著者: Zhang, H. / Astrof, N.S. / Liu, J.H. / Wang, J.H. / Shimaoka, M.

履歴

登録	2008年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f74.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f74.ent.gz	107.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f78C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mjn-d 1mqa-d 1dgq-d 1dgq-1 5gso-4 6ic9-1 1h0p-d 1r8o-d 4cua-2 3f78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (20) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (20)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrin alpha-L

B: Integrin alpha-L

C: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

62.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Integrin alpha-L

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Integrin alpha-L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.806, 85.603, 63.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.930, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain / CD11 antigen-like family member A 分子量: 20739.766 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 153-332, VWFA domain, I domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD11A, integrin LFA1, ITGAL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: o.1M sodium acetate, pH7.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 64731 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 18.895

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	3.7	0.573	6463	0.892	1	99.8
1.76-1.83	3.9	0.427	6428	0.924	1	100
1.83-1.91	3.9	0.295	6448	0.899	1	100
1.91-2.02	3.9	0.195	6444	0.944	1	100
2.02-2.14	3.9	0.145	6464	0.992	1	100
2.14-2.31	3.9	0.103	6472	1.039	1	100
2.31-2.54	3.9	0.083	6441	1.053	1	100
2.54-2.91	3.9	0.074	6509	1.295	1	100
2.91-3.66	3.9	0.051	6493	1.354	1	99.9
3.66-50	3.9	0.034	6569	1.083	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0044	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.934 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	3280	5.1 %	RANDOM
R_work	0.146	-	-	-
obs	0.147	64661	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.43 Å² / B_iso mean: 14.753 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0 Å²	0.33 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4362	0	13	708	5083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4538
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.963	6126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.837	3	7655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.751	5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.783	25.238	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.749	15	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.296	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.776	2	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.209	2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.409	3	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.231	5	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.381	5	1688

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.739 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	220	-
R_work	0.227	4440	-
all	-	4660	-
obs	-	-	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2023	-0.7681	-0.3926	2.0252	0.5678	2.0218	0.0054	0.0447	-0.054	-0.0452	-0.0199	0.2572	0.0081	-0.2825	0.0145	0.0271	-0.0179	-0.0099	0.0676	0.0086	0.0913	12.069	-6.688	-30.45
2	1.557	-0.9698	-0.3872	1.4656	0.0605	0.8201	0.0254	0.0587	0.1124	-0.0032	0.0017	0.094	-0.1365	-0.0564	-0.027	0.0646	-0.0052	0.0077	0.0479	0.0065	0.0997	19.197	0.542	-28.811
3	2.2233	-0.2794	-0.6744	0.7283	-0.1939	1.1524	-0.0024	-0.1005	-0.0215	0.0392	0.0251	-0.0237	-0.0233	-0.016	-0.0227	0.0725	-0.007	0.0102	0.0619	0.0028	0.0645	21.463	-11.451	-22.492
4	3.1156	-0.2403	-0.6632	1.9496	0.9489	1.8182	-0.0658	0.0263	-0.1997	0.0378	0.1602	-0.0868	0.1155	0.0335	-0.0944	0.069	-0.0097	0.0044	0.0519	0.0012	0.0817	21.525	-21.024	-20.492
5	2.5774	-2.6527	-2.9997	2.7367	3.2344	8.1434	0.0537	0.1446	-0.4203	-0.0692	-0.1686	0.4207	0.0772	-0.6666	0.1148	0.0461	-0.04	-0.0206	0.0803	0.0143	0.0971	7.981	-16.097	-26.136
6	2.0082	-0.6252	-0.7392	1.3269	0.0317	1.3654	-0.115	0.1099	-0.2195	-0.0498	0.0061	0.1038	0.2786	0.0394	0.109	0.0919	0.0306	0.0097	0.067	-0.0126	0.0579	10.893	-25.847	5.335
7	0.8934	-0.6881	-0.1029	1.2919	-0.2979	1.1458	-0.032	-0.0491	-0.0194	-0.0002	0.0051	-0.1135	0.1411	0.2632	0.027	0.0503	0.0568	-0.0058	0.0975	-0.007	0.0358	18.75	-23.22	9.287
8	0.761	-0.5026	-0.5871	1.1476	0.4297	1.7416	-0.0061	0.0364	0.0499	-0.0321	-0.0225	-0.0512	-0.0355	-0.0031	0.0286	0.0714	0.0205	0.0041	0.0896	0.004	0.051	9.904	-13.876	1.448
9	1.8239	0.2211	-0.2622	1.7194	0.0738	1.7072	-0.0011	0.0754	0.0275	-0.0793	-0.0235	0.1384	0.0762	-0.2261	0.0245	0.0379	0.0143	-0.0074	0.0899	-0.0095	0.0376	2.694	-15.146	-3.343
10	20.7895	3.8362	-6.4389	3.3441	-1.8609	5.3378	-0.1253	-0.1384	-0.8	-0.0445	-0.0987	0.0894	0.348	-0.2885	0.2241	0.1065	-0.0068	0.0062	0.0512	-0.0032	0.0564	10.169	-27.237	-9.096
11	1.2071	-0.3855	-0.1133	2.4849	0.3217	0.9194	0.0566	0.0396	0.0947	0.0064	-0.0745	-0.1555	-0.1127	-0.018	0.0179	0.0644	0.0224	-0.0092	0.0696	0.0102	0.0695	-8.787	-33.34	-26.058
12	0.7109	-0.3088	-0.625	1.7685	0.1881	1.5663	0.079	0.075	-0.0018	-0.1332	-0.0867	0.1172	-0.0483	-0.0317	0.0078	0.0497	0.0434	-0.0239	0.0727	-0.0067	0.0739	-17.054	-31.404	-30.193
13	1.0127	-0.31	-0.4177	2.3307	0.1304	1.4006	0.0268	0.0788	-0.0808	0.0527	-0.021	0.3305	-0.0014	-0.2333	-0.0059	0.0182	0.0105	-0.0097	0.078	0.0029	0.0768	-21.223	-37.464	-22.377
14	1.9047	0.1822	-0.5939	2.965	0.247	1.6744	0.0099	-0.1096	0.0951	0.2842	-0.0123	-0.0195	-0.1654	0.0294	0.0023	0.1203	0.0088	-0.0235	0.0493	-0.0073	0.0334	-11.678	-30.247	-11.911
15	3.2566	2.2112	-2.925	8.9856	-5.3924	5.9393	0.0823	-0.1328	0.1601	0.6135	-0.0575	-0.1548	-0.5407	-0.1849	-0.0247	0.0946	0.033	-0.0139	0.0534	-0.005	0.0398	-4.146	-41.432	-15.781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	169 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	229 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	266 - 286
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	287 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	128 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	177 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	230 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	267 - 296
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	297 - 307
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	128 - 168
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	169 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	218 - 250
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	251 - 298
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	299 - 307

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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