PDB-3f6t: Crystal structure of aspartate aminotransferase (E.C. 2.6.1.1) (Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f6t

タイトル

Crystal structure of aspartate aminotransferase (E.C. 2.6.1.1) (YP_194538.1) from Lactobacillus acidophilus NCFM at 2.15 A resolution

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / YP_194538.1 / aspartate aminotransferase (E.C. 2.6.1.1) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus acidophilus NCFM (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of aspartate aminotransferase (E.C. 2.6.1.1) (YP_194538.1) from Lactobacillus acidophilus NCFM at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f6t.cif.gz	227.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f6t.ent.gz	184.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f6t_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f6t_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	3f6t_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	3f6t_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ppm-d 6a50-d 3qau-1 7k0q-d 4zgv-2 6vgs-1 5x41-1 4zgv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391714

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.780, 107.750, 119.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	15 - 529
2	1	1	4	B	15 - 529

詳細

AUTHORS STATE THAT CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT THIS ASSEMBLY IS A DIMER

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase 分子量: 61272.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus NCFM (乳酸菌) 遺伝子: LBA1695, YP_194538.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5FIG7, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 0.2000M (NH4)2HPO4, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7.9, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9789

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→29.921 Å / Num. obs: 63504 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.801 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.263 / Net I/σ(I): 9.204

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	3.6	0.805	4791	1.38	1	99.9
2.15-2.21	3.7	0.69	4796	1.191	1	100
2.21-2.28	3.6	0.623	4802	1.363	1	99.8
2.28-2.35	3.7	0.526	4809	1.202	1	99.9
2.35-2.43	3.7	0.433	4828	1.203	1	100
2.43-2.53	3.7	0.343	4812	1.175	1	100
2.53-2.65	3.7	0.282	4848	1.134	1	100
2.65-2.79	3.7	0.228	4828	1.209	1	100
2.79-2.96	3.7	0.177	4834	1.117	1	99.9
2.96-3.19	3.6	0.135	4885	1.185	1	100
3.19-3.51	3.6	0.102	4869	1.379	1	99.9
3.51-4.02	3.6	0.079	4919	1.456	1	100
4.02-5.06	3.5	0.06	4947	1.282	1	99.8
5.06-29.921	3.6	0.055	5115	1.415	1	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.921 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.934 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.202
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	3199	5.1 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.18	63132	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.68 Å² / B_iso mean: 31.258 Å² / B_iso min: 7.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8294	0	20	563	8877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	8604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	1.971	11696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	3	14158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.73	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.566	25.142	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.436	15	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.248	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.082	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.053	2	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.264	2	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.637	3	8464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.362	4	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.236	5	3215

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6914 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
MEDIUM THERMAL	0.63	2

LS精密化シェル

解像度: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	226	-
R_work	0.256	4233	-
all	-	4459	-
obs	-	-	96.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.559	0.0987	0.1237	0.9881	0.2832	0.5453	0.0269	0.0198	0.0002	-0.0168	0.0242	-0.24	-0.0938	0.0906	-0.0511	-0.0878	-0.022	0.0056	-0.0741	-0.0118	-0.0643	5.5024	-8.3696	-43.4724
2	0.5653	0.1578	-0.0757	0.8354	0.0768	0.4703	0.0302	0.0322	0.1024	-0.0464	-0.0255	0.2093	-0.1271	-0.121	-0.0047	-0.057	0.0413	-0.0154	-0.0434	-0.0101	-0.0596	-26.4599	-5.73	-47.4032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 529
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 531

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