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- PDB-3f6r: Desulfovibrio desulfuricans (ATCC 29577) oxidized flavodoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f6r
タイトルDesulfovibrio desulfuricans (ATCC 29577) oxidized flavodoxin
要素Flavodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / flavodoxin-like fold / FMN binding / oxidized / Flavoprotein / FMN / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Guelker, M. / Shamoo, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Pseudosymmetry, high copy number and twinning complicate the structure determination of Desulfovibrio desulfuricans (ATCC 29577) flavodoxin.
著者: Guelker, M. / Stagg, L. / Wittung-Stafshede, P. / Shamoo, Y.
履歴
登録2008年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
B: Flavodoxin
C: Flavodoxin
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6518
ポリマ－62,8264
非ポリマー1,8254
水6,179343
1
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1632
ポリマ－15,7061
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1632
ポリマ－15,7061
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1632
ポリマ－15,7061
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1632
ポリマ－15,7061
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.06, 71.06, 112.99
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Flavodoxin


分子量: 15706.387 Da / 分子数: 4 / 変異: N79D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
株: ATCC 29577 / 遺伝子: flavodoxin / プラスミド: pET-24c(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P26492
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1M sodium citrate, 2.4M ammonium sulfate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月10日 / 詳細: Rigaku Varimax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.475
反射解像度: 1.97→37.53 Å / Num. all: 39723 / Num. obs: 29589 / % possible obs: 74.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.39 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 1.79 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3929 / % possible all: 14.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
PHASER位相決定
CNS精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AZL with side chains pruned to the last common atom

1azl


解像度: 2→37.53 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 2976 10.11 %random
Rwork0.2112 ---
obs0.215 29422 77.72 %-
all-29422 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.615 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.58 Å2-7.58 Å2-0 Å2
2---0 Å2-7.58 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4372 0 124 343 4839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.944
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2-2.04680.2981620.286503565
2.0468-2.0980.2982960.2545766862
2.098-2.15470.28251060.2389691075
2.1547-2.21810.28731270.238211511278
2.2181-2.28970.24091420.224813631505
2.2897-2.37150.26751850.223616151800
2.3715-2.46640.26182200.213220672287
2.4664-2.57870.27922530.222621902443
2.5787-2.71460.27222390.223222732512
2.7146-2.88460.25522420.214422292471
2.8846-3.10720.25622620.213122452507
3.1072-3.41970.22872630.19822472510
3.4197-3.91410.22792270.181622752502
3.9141-4.92960.20372570.182622832540
4.9296-37.55260.27752530.242423122565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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