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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f67 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Putative Dienelactone Hydrolase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 | ||||||
要素 | Putative dienelactone hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Putative Dienelactone Hydrolase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 著者: Kim, Y. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f67.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f67.ent.gz | 52.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f67_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f67_full_validation.pdf.gz | 465.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f67_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f67_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26833.744 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-265 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal fusion of maltose-binding protein (removed in situ) and N-terminal His-tag which is removed during the purification 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721; MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_42700, KPN_04326, ysgA / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: A6TGL0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACY / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Li2SO4 0.1 M Tris pH 7.0 1.0 M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→47.85 Å / Num. all: 31820 / Num. obs: 31820 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.78 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1583 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.054 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.911 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→47.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.744→1.789 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 53.1541 Å / Origin y: 26.6225 Å / Origin z: 7.8597 Å
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