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万見
- PDB-3f5t: X-ray Structure of H5N1 NS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f5t
タイトルX-ray Structure of H5N1 NS1
要素Nonstructural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / NS1 / H5N1 / Influenza / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / Nucleus / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich ...Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bornholdt, Z.A. / Prasad, B.V.V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of NS1 from a highly pathogenic H5N1 influenza virus
著者: Bornholdt, Z.A. / Prasad, B.V.V.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年11月25日ID: 3EU6
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2531
ポリマ－24,2531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nonstructural protein 1

A: Nonstructural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5062
ポリマ－48,5062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area2350 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.122, 106.122, 69.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nonstructural protein 1 / NS1


分子量: 24252.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Full length A/Vietnam/1203/2004(H5N1) sequence
由来: (天然) Influenza virus (インフルエンザウイルス)
株: A/Vietnam/1203/2004 / 参照: UniProt: A5A5U1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→35 Å / Num. all: 6721 / Num. obs: 6721 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.894 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.284 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 669 10 %RANDOM
Rwork0.279 6052 --
all0.281 6721 --
obs0.281 6721 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68 Å2 / Biso mean: 50.422 Å2 / Biso min: 37.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.29 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1469 0 0 0 1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9662013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82523.67668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.69315270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07221497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.653594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5474.5516
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 41 -
Rwork0.366 422 -
all-463 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.8464 Å / Origin y: 41.2618 Å / Origin z: -0.4336 Å
111213212223313233
T-0.1575 Å20.0266 Å20.0636 Å2--0.0493 Å20.0462 Å2---0.0743 Å2
L1.3788 °20.6242 °21.0676 °2-0.747 °20.6579 °2--4.1167 °2
S0.0227 Å °-0.159 Å °-0.2578 Å °0.2347 Å °0.0764 Å °-0.1146 Å °0.5112 Å °0.0715 Å °-0.099 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A159 - 163
2X-RAY DIFFRACTION1A164 - 166
3X-RAY DIFFRACTION1A5 - 22
4X-RAY DIFFRACTION1A23 - 29
5X-RAY DIFFRACTION1A30 - 47
6X-RAY DIFFRACTION1A48 - 53
7X-RAY DIFFRACTION1A54 - 68
8X-RAY DIFFRACTION1A69 - 74
9X-RAY DIFFRACTION1A80 - 83
10X-RAY DIFFRACTION1A84 - 130
11X-RAY DIFFRACTION1A131 - 135
12X-RAY DIFFRACTION1A136 - 158
13X-RAY DIFFRACTION1A167 - 183
14X-RAY DIFFRACTION1A184 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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