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- PDB-3f53: Crystal structure of Toxoplasma gondii micronemal protein 1 bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f53
タイトルCrystal structure of Toxoplasma gondii micronemal protein 1 bound to 2F-3'SiaLacNAc
要素Micronemal protein 1
キーワードCELL ADHESION / micronemal protein / carbohydrate / fluorine / toxoplasma gondii / Cytoplasmic vesicle / Lectin / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host receptor-mediated signal transduction / effector-mediated perturbation of host innate immune response by symbiont / effector-mediated suppression of host innate immune response / microneme / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / sialic acid binding / host cell surface binding / immune system process / carbohydrate binding ...symbiont-mediated perturbation of host receptor-mediated signal transduction / effector-mediated perturbation of host innate immune response by symbiont / effector-mediated suppression of host innate immune response / microneme / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / sialic acid binding / host cell surface binding / immune system process / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / host cell endosome / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Actin; Chain A, domain 4 - #70 / Micronemal protein 1 / Micronemal protein 1, galectin-like domain / MIC1, C-terminal superfamily / Toxoplasma gondii micronemal protein 1 TgMIC1 / Micronemal adhesive repeat, sialic-acid binding / Sialic-acid binding micronemal adhesive repeat / Actin; Chain A, domain 4 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Micronemal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garnett, J.A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Detailed insights from microarray and crystallographic studies into carbohydrate recognition by microneme protein 1 (MIC1) of Toxoplasma gondii.
著者: Garnett, J.A. / Liu, Y. / Leon, E. / Allman, S.A. / Friedrich, N. / Saouros, S. / Curry, S. / Soldati-Favre, D. / Davis, B.G. / Feizi, T. / Matthews, S.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Atomic resolution insight into host cell recognition by Toxoplasma gondii.
著者: Blumenschein, T.M. / Friedrich, N. / Childs, R.A. / Saouros, S. / Carpenter, E.P. / Campanero-Rhodes, M.A. / Simpson, P. / Chai, W. / Koutroukides, T. / Blackman, M.J. / Feizi, T. / Soldati- ...著者: Blumenschein, T.M. / Friedrich, N. / Childs, R.A. / Saouros, S. / Carpenter, E.P. / Campanero-Rhodes, M.A. / Simpson, P. / Chai, W. / Koutroukides, T. / Blackman, M.J. / Feizi, T. / Soldati-Favre, D. / Matthews, S.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Micronemal protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,70816
ポリマ－27,2661
非ポリマー1,44215
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.361, 66.361, 172.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1066-

HOH

21A-1075-

HOH

31A-1159-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Micronemal protein 1


分子量: 27266.010 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Residues 17-262 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: MIC1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): origami / 参照: UniProt: O00834
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 473.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*F][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp2fluoro]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 188分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE NAG RESIDUE IS DISORDERED IN 2F-3'SIALACNAC AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, THEREFORE ...THE NAG RESIDUE IS DISORDERED IN 2F-3'SIALACNAC AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, THEREFORE IS MISSING IN THE FINAL STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 3.6M Ammonium acetate, 100mM Bis/tris-propane, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月19日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.68 Å / Num. obs: 26571 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.021 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSC Quantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2JH1

2jh1


解像度: 2→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.816 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19114 2663 10 %RANDOM
Rwork0.16783 ---
obs0.17024 23882 98.61 %-
all-26571 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1750 0 95 174 2019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9822559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2525236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20823.76585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5515289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.4821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9031.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27821869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3773761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.524.5687
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 188 -
Rwork0.197 1719 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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