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万見
- PDB-3f4l: Crystal structure of a probable oxidoreductase yhhX in Triclinic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4l
タイトルCrystal structure of a probable oxidoreductase yhhX in Triclinic form. Northeast Structural Genomics target ER647
要素Putative oxidoreductase yhhX
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase yhhX / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


scyllo-inositol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素 / antibiotic biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized oxidoreductase YhhX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase yhhX
B: Putative oxidoreductase yhhX
C: Putative oxidoreductase yhhX
D: Putative oxidoreductase yhhX
E: Putative oxidoreductase yhhX
F: Putative oxidoreductase yhhX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,3216
ポリマ－234,3216
非ポリマー00
水10,521584
1
A: Putative oxidoreductase yhhX
F: Putative oxidoreductase yhhX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1072
ポリマ－78,1072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28240 Å2
手法PISA
2
B: Putative oxidoreductase yhhX
C: Putative oxidoreductase yhhX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1072
ポリマ－78,1072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
3
D: Putative oxidoreductase yhhX
E: Putative oxidoreductase yhhX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1072
ポリマ－78,1072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area28330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.189, 100.785, 102.166
Angle α, β, γ (deg.)114.40, 103.31, 101.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase yhhX


分子量: 39053.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b3440, JW3403, yhhX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46853, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: NH4Cl, Tris pH 8, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 274347 / Num. obs: 274347 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Num. unique all: 28162 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→42.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 125649.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 12361 4.8 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 257403 86.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.9885 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å23.5 Å2-0.11 Å2
2---1.25 Å22.23 Å2
3----1.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16386 0 0 584 16970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 2069 4.7 %
Rwork0.286 41741 -
obs--88.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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