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- PDB-3f3s: The Crystal Structure of Human Lambda-Crystallin, CRYL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3s
タイトルThe Crystal Structure of Human Lambda-Crystallin, CRYL1
要素Lambda-crystallin homolog
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CRYL1 / lambda-crystallin / Crystallin / lambda 1 / CRY / GDH / L-gulonate 3-dehydrogenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


L-gulonate 3-dehydrogenase / L-gulonate 3-dehydrogenase activity / Formation of xylulose-5-phosphate / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / NAD+ binding / fatty acid metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Lambda-crystallin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Johansson, C. / Yue, W.W. / Kochan, G. / Pilka, E. / Kramm, A. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Ugochukwu, E. / Johansson, C. / Yue, W.W. / Kochan, G. / Pilka, E. / Kramm, A. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human Lambda-Crystallin, CRYL1
著者: Ugochukwu, E. / Johansson, C. / Yue, W.W. / Kochan, G. / Pilka, E. / Kramm, A. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lambda-crystallin homolog
B: Lambda-crystallin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,97416
ポリマ－69,7532
非ポリマー2,22114
水5,981332
1
A: Lambda-crystallin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9527
ポリマ－34,8771
非ポリマー1,0756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lambda-crystallin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0239
ポリマ－34,8771
非ポリマー1,1468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14940 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.085, 102.085, 134.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lambda-crystallin homolog / CRYL1


分子量: 34876.570 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 6-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYL1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y2S2

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非ポリマー , 5種, 346分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.73 Å / Num. obs: 53793 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 69408 / Rsym value: 1.297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0055精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DPO

2dpo
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→47.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.921 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19629 2731 5.1 %RANDOM
Rwork0.15447 ---
all0.15654 51002 --
obs0.15654 51002 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0.53 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4754 0 136 332 5222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4632.0096833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913.0028298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3525641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84124.392189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40415876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9811527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.92653139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.65251260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.95575081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.41491886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.386111742
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 209 -
Rwork0.225 3724 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6581-0.91840.12855.74681.2192.5681-0.11640.31620.108-0.21070.1935-0.3541-0.16740.2831-0.077-0.0178-0.0896-0.00140.0071-0.0147-0.1428-19.26714.089-14.055
223.700311.6537-8.79613.7479000.58551.4017-0.1825-1.1753-0.2904-0.04040.11090.4314-0.29510.189-0.1313-0.02330.1839-0.0374-0.0868-23.37214.689-26.223
32.11560.3580.58881.75480.1452.4537-0.0960.12380.0057-0.01960.1246-0.2033-0.04820.2436-0.0285-0.0272-0.0351-0.0324-0.1011-0.0374-0.1059-23.21914.266-4.743
41.8036-0.1549-0.1181.3314-0.1481.3614-0.02890.1399-0.0392-0.02590.01910.1807-0.0226-0.02220.0099-0.06850.0151-0.0052-0.10460.0113-0.057-49.385.378-9.377
50.8699-0.68180.28024.9651-3.17384.24-0.0936-0.03390.02810.11270.18580.5832-0.2165-0.2521-0.0922-0.07780.0525-0.0326-0.02290.08690.281-76.04421.442-12.978
64.46971.0092-0.21293.7735-1.75882.96360.00170.1793-0.3077-0.23920.28220.76020.2772-0.3903-0.2839-0.047-0.0079-0.0812-0.06450.08760.2687-74.0985.477-12.867
72.3212-0.20020.59721.915-0.45751.2554-0.0409-0.14310.03260.1870.03020.1377-0.11190.03280.0106-0.04880.01560.0092-0.13630.0141-0.0891-47.7985.921-2.583
83.6886-1.6042-1.79637.71896.121214.0997-0.0468-0.04910.56930.03550.02830.2774-0.91830.03060.01860.05130.004-0.0825-0.12890.05230.2015-54.7124.907-10.028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A43 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3A59 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4A185 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6B105 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7B188 - 283
8X-RAY DIFFRACTION8B284 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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