[日本語] English
万見
- PDB-3f3p: Crystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3p
タイトルCrystal structure of the nucleoporin pair Nup85-Seh1, space group P21212
要素
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin SEH1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Protein Complex / Nucleoporin / Nucleoporin Complex / Nuclear Pore Complex / Macromolecular Assembly / Membrane Coat / Nucleocytoplasmic Transport / beta-propeller / solenoid domain / mRNA transport / Nucleus / Protein transport / Translocation / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins ...Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #500 / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Sec13/Seh1 family / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat ...N-terminal domain of TfIIb - #500 / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Sec13/Seh1 family / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin SEH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Debler, E.W. / Hseo, H. / Ma, Y. / Blobel, G. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: A fence-like coat for the nuclear pore membrane.
著者: Debler, E.W. / Ma, Y. / Seo, H.S. / Hsia, K.C. / Noriega, T.R. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin SEH1
B: Nucleoporin SEH1
C: Nucleoporin NUP85
D: Nucleoporin NUP85
E: Nucleoporin SEH1
F: Nucleoporin SEH1
G: Nucleoporin NUP85
H: Nucleoporin NUP85
I: Nucleoporin SEH1
J: Nucleoporin SEH1
K: Nucleoporin NUP85
L: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)631,92012
ポリマ－631,92012
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoporin SEH1
B: Nucleoporin SEH1
C: Nucleoporin NUP85
D: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6404
ポリマ－210,6404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19240 Å2
ΔGint-93.1 kcal/mol
Surface area61990 Å2
手法PISA
2
E: Nucleoporin SEH1
F: Nucleoporin SEH1
G: Nucleoporin NUP85
H: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6404
ポリマ－210,6404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19600 Å2
ΔGint-90.7 kcal/mol
Surface area62340 Å2
手法PISA
3
I: Nucleoporin SEH1
J: Nucleoporin SEH1
K: Nucleoporin NUP85
L: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,6404
ポリマ－210,6404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-87.9 kcal/mol
Surface area63020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.239, 226.476, 190.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Authors state that the heterotetramers (ABCD), (EFGH), and (IJKL) constitute the biomolecules that build up the physiologically-relevant heterooctameric conformations represented by the asymmetric units of related entries 3F3F and 3F3G.

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39640.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEH1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P53011
#2: タンパク質
Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 65679.570 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 1-570 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP85, RAT9 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P46673
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, Tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 152129 / Num. obs: 150912 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. unique all: 7406 / Rsym value: 0.729 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F3F

3f3f


解像度: 3.2→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 -Random
Rwork0.261 --
obs0.261 123289 -
all-129823 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37800 0 0 0 37800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る