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- PDB-3f3k: The structure of uncharacterized protein YKR043C from Saccharomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3k
タイトルThe structure of uncharacterized protein YKR043C from Saccharomyces cerevisiae.
要素Uncharacterized protein YKR043C
キーワードstructural genomics / unknown function / Saccharomyces cerevisiae / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


sedoheptulose-bisphosphatase / sedoheptulose-bisphosphatase activity / ribose phosphate biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cuff, M. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure and activity of the metal-independent fructose-1,6-bisphosphatase YK23 from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Kuznetsova, E. / Xu, L. / Singer, A. / Brown, G. / Dong, A. / Flick, R. / Cui, H. / Cuff, M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YKR043C
B: Uncharacterized protein YKR043C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5768
ポリマ－61,0242
非ポリマー5536
水16,916939
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.037, 86.277, 100.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Authors state that the biological unit is experimentally unknown.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YKR043C


分子量: 30511.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: YKR043C / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36136
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Li3Citrate, 16% PEG 3350, 4%MPD, 10% Glycerol, Trypsin 1/10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948,0.97931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
20.979311
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 72754 / Num. obs: 72754 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.694 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Num. unique all: 3587 / Χ2: 0.839 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.387 / FOM acentric: 0.405 / FOM centric: 0.17 / 反射: 72654 / Reflection acentric: 67134 / Reflection centric: 5520
Phasing MAD set

最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.410.20.100671345520
20.960.9410.614.20.370.28670775515
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
111.24-501.2510.20.20019196
16.33-11.241.5610.30.2001039246
14.41-6.331.310.30.2002638422
13.38-4.411.0410.20.2004972603
12.74-3.381.310.20.1008078792
12.31-2.741.4410.20.10011955966
11.99-2.311.4110.20.100165561121
11.75-1.991.7310.10.100217051274
211.24-500.940.8712.417.60.760.5319195
26.33-11.240.850.7610.412.30.850.751039246
24.41-6.330.880.8111.313.70.720.512638422
23.38-4.410.930.9213.1180.520.34972602
22.74-3.380.930.9310.213.20.530.338076792
22.31-2.740.950.969.213.30.450.2511949965
21.99-2.310.980.9810.113.60.310.2165451121
21.75-1.990.990.9911.114.70.20.14216671272
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se14.82862-0.517-0.845-0.0870
2Se14.75583-0.637-1.153-0.0880
3Se14.34521-0.656-0.852-0.0730
4Se12.6175-0.498-1.146-0.0740
5Se14.48561-0.313-1.248-0.1120
6Se14.9109-0.841-0.75-0.1140
7Se-267.51013-0.329-1.156-0.0870
8Se13.61214-0.517-0.845-0.087-0.111
9Se14.27805-0.637-1.153-0.088-0.107
10Se12.34448-0.656-0.852-0.073-0.059
11Se9.4961-0.498-1.146-0.073-0.06
12Se14.93218-0.313-1.248-0.111-0.052
13Se17.17247-0.841-0.75-0.114-0.053
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.24-500.4530.5530.25528719196
6.33-11.240.5830.6350.36212851039246
4.41-6.330.5650.6030.32630602638422
3.38-4.410.50.5320.23255754972603
2.74-3.380.5030.5310.20988708078792
2.31-2.740.4490.4720.1671292111955966
1.99-2.310.3670.3840.11617677165561121
1.75-1.990.2610.2730.0722979217051274
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 72654
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.22-10054.10.714515
6.61-9.2250.50.81862
5.42-6.6151.50.81117
4.71-5.4248.40.8321314
4.22-4.7149.10.8561482
3.85-4.2251.90.8341615
3.57-3.8555.40.8341762
3.34-3.5756.50.8261891
3.15-3.3453.50.8242022
2.99-3.1551.10.8322138
2.85-2.9950.80.8462232
2.73-2.8552.30.8462358
2.62-2.7351.70.8412420
2.53-2.62510.8552542
2.44-2.5351.20.8582621
2.37-2.44530.8612714
2.3-2.3752.20.8542794
2.23-2.354.60.8612873
2.17-2.2354.70.8692948
2.12-2.1755.70.8553037
2.07-2.12590.8563093
2.02-2.07600.8563190
1.98-2.0259.40.8523220
1.93-1.9862.20.853311
1.89-1.9360.50.8553361
1.86-1.8963.10.8423444
1.82-1.8664.20.823479
1.79-1.8266.70.7953557
1.75-1.7970.50.7224742

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→43.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.176 / WRfactor Rwork: 0.146 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.901 / SU B: 2.901 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / SU Rfree: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 3660 5 %RANDOM
Rwork0.141 ---
all0.143 72653 --
obs0.143 72653 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.51 Å2 / Biso mean: 15.734 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4217 0 36 939 5192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9596115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88237687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0995549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94723.305236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95115779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3631548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.52692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2151.51092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33424369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27631819
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8024.51746
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 272 -
Rwork0.169 4983 -
all-5255 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6490.04070.19730.55440.13210.78160.0395-0.02780.0366-0.0187-0.05110.0271-0.0744-0.04210.01150.01470.00160.00290.0072-0.00450.020634.644814.184.0101
20.61150.003-0.10310.4526-0.05170.64170.0359-0.0213-0.0221-0.02-0.0505-0.03220.04980.03330.01470.01170.0014-0.0060.0080.00740.019436.5597-14.13873.9271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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