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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f3a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of LeuT bound to L-Tryptophan and Sodium | ||||||
![]() | Transporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / SLC6 / NSS / transmembrane / sodium-coupled / transporter / Symport | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, S.K. / Piscitelli, C.L. / Yamashita, A. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A competitive inhibitor traps LeuT in an open-to-out conformation. 著者: Singh, S.K. / Piscitelli, C.L. / Yamashita, A. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 A![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 58077.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: 糖 | ChemComp-BOG / |
-非ポリマー , 4種, 108分子 ![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/C14.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-TRP / #4: 化合物 | ChemComp-C14 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 0.4M NaCl, 17-22% PEG-MME 550, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 41152 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 31.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 3834 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 2A65 解像度: 2→48.232 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.232 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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