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- PDB-3f23: Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f23
タイトルCrystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG)
要素
  • DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
  • Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE / Protein-Z-DNA complex / Alternative promoter usage / Alternative splicing / Cytoplasm / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / mRNA processing / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / RNA-binding / RNA-mediated gene silencing / Ubl conjugation / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing ...somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / supraspliceosomal complex / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / hematopoietic stem cell homeostasis / response to interferon-alpha / adenosine to inosine editing / RISC complex assembly / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / pre-miRNA processing / definitive hemopoiesis / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein export from nucleus / erythrocyte differentiation / response to virus / PKR-mediated signaling / mRNA processing / cellular response to virus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / double-stranded RNA binding / defense response to virus / innate immune response / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADAR1, first double-stranded RNA binding domain / ADAR1, third double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Z-binding domain profile. / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain ...ADAR1, first double-stranded RNA binding domain / ADAR1, third double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Z-binding domain profile. / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ha, S.C. / Choi, J. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: The structures of non-CG-repeat Z-DNAs co-crystallized with the Z-DNA-binding domain, hZ{alpha}ADAR1
著者: Ha, S.C. / Choi, J. / Hwang, H.Y. / Rich, A. / Kim, Y.G. / Kim, K.K.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
B: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
C: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
D: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
F: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3506
ポリマ－33,3506
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
B: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
D: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2334
ポリマ－22,2334
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
F: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')

C: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
F: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2334
ポリマ－22,2334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)86.219, 86.219, 71.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase / DRADA / 136 kDa double-stranded RNA-binding protein / P136 / K88DSRBP / Interferon-inducible protein 4 / IFI-4


分子量: 9002.293 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P55265, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2Glycerol11
3HOH11
4(NH4)2SO412
5Glycerol12
6HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7757 / Num. obs: 7734 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 758 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QBJ

1qbj


解像度: 2.7→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 402 -RAMDOM
Rwork0.224 ---
all-7743 --
obs-7478 96.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1517 369 0 60 1946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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