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- PDB-3f00: Crystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f00
タイトルCrystal Structure of Synaptotagmin I C2A domain with Cu(II)
要素Synaptotagmin-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Synaptotagmin I / C2A / copper
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of regulated secretory pathway ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / spontaneous neurotransmitter secretion / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / chromaffin granule membrane / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / calcium ion sensor activity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / exocytic vesicle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / regulation of exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cellular response to calcium ion / SNARE binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / axon / glutamatergic synapse / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Synaptotagmin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Guo, F. / Dakshinamurthy, R. / Thallapuranam, S.K.K. / Sakon, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Synaptotagmin I C2A
著者: Guo, F. / Dakshinamurthy, R. / Thallapuranam, S.K.K. / Sakon, J.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32017年11月8日Group: Structure summary / カテゴリ: entity_name_com / Item: _entity_name_com.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2735
ポリマ－15,9541
非ポリマー3194
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.647, 38.363, 44.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 15954.164 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21579
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M Li2SO4, 100mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98268 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98268 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→100 Å / Num. obs: 28585 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 15.786
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.36-1.412.20.51421770.65973.2
1.41-1.472.70.47427590.59193.2
1.47-1.533.10.40329140.61497.7
1.53-1.613.20.36828900.84397.3
1.61-1.713.40.27128890.71797.3
1.71-1.853.70.27429281.17598.7
1.85-2.034.30.24429811.37999.7
2.03-2.335.10.24929921.55799.9
2.33-2.936.10.2429962.04699.6
2.93-10060.10530591.4399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RSY

1rsy


解像度: 1.36→20.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 3.108 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / SU Rfree: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1414 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 28466 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.3 Å2 / Biso mean: 17.97 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→20.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1166 0 12 244 1422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9821614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8755140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04325.43957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.12315221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.777153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3972733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09931153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2942520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8513461
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.15931215
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.1423246
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.78231141
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.388 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 64 -
Rwork0.341 1266 -
all-1330 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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