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万見
- PDB-3ezy: Crystal structure of probable dehydrogenase TM_0414 from Thermoto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ezy
タイトルCrystal structure of probable dehydrogenase TM_0414 from Thermotoga maritima
要素Dehydrogenase脱水素酵素
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / NADPH regeneration / inositol metabolic process / oxidoreductase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド ...イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myo-inositol 2-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Freeman, J. / Chang, S. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of probable dehydrogenase TM_0414 from Thermotoga maritima
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Freeman, J. / Chang, S. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase
B: Dehydrogenase
C: Dehydrogenase
D: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6169
ポリマ－155,0254
非ポリマー5915
水10,809600
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14780 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.144, 108.739, 98.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Dehydrogenase / 脱水素酵素


分子量: 38756.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: TM_0414 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WYP5
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 45% MPD, Bis-Tris pH 6.5, 0.1M Calcium Chloride, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 91568 / Num. obs: 91568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 17.16
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique all: 18000 / Rsym value: 0.577 / Χ2: 0.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化解像度: 2.04→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.859 / SU B: 4.187 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / SU Rfree: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 4565 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 91498 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.6 Å2 / Biso mean: 32.677 Å2 / Biso min: 13.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å2-1.51 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10577 0 24 616 11217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.98614540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78551356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80523.728507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.382152032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3461597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.56625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.578210703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82734162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7414.53820
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 300 -
Rwork0.219 5969 -
all-6269 -
obs--92.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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