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- PDB-3eyi: The crystal structure of the second Z-DNA binding domain of human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eyi
タイトルThe crystal structure of the second Z-DNA binding domain of human DAI (ZBP1) in complex with Z-DNA
要素
  • 5'-TCGCGCG-3'
  • Z-DNA-binding protein 1
キーワードDNA Binding Protein/DNA / Alternative splicing / DNA-binding / Polymorphism / DNA Binding Protein-Z-DNA COMPLEX / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ZBP1(DAI) mediated induction of type I IFNs / left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus ...ZBP1(DAI) mediated induction of type I IFNs / left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / antiviral innate immune response / activation of innate immune response / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding protein 1 / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Z-DNA-binding protein 1 / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Z-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ha, S.C. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the second Z-DNA binding domain of human DAI (ZBP1) in complex with Z-DNA reveals an unusual binding mode to Z-DNA.
著者: Ha, S.C. / Kim, D. / Hwang, H.Y. / Rich, A. / Kim, Y.G. / Kim, K.K.
履歴
登録2008年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Z-DNA-binding protein 1
B: Z-DNA-binding protein 1
C: 5'-TCGCGCG-3'
D: 5'-TCGCGCG-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6374
ポリマ－21,6374
非ポリマー00
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.530, 58.249, 88.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Z-DNA-binding protein 1 / Tumor stroma and activated macrophage protein DLM-1


分子量: 8703.931 Da / 分子数: 2 / 断片: The second Z-DNA binding domain (Zbeta) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf183, DLM1, ZBP1, ZBP1/DLM1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H171
#2: DNA鎖 5'-TCGCGCG-3'


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The Z-DNA is chemically synthesized.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 31-33% PEG 4000, 200-260 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2PEG 400011
3sodium acetate11
4Tris-HCl12
5PEG 400012
6sodium acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9795, 0.9798, 0.9721
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97981
30.97211
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 27940 / Num. obs: 26766 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique all: 2301 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
autoSHARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 2617 9.9 %RANDOM
Rwork0.15322 ---
all0.15719 26420 --
obs0.15719 23803 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1095 263 0 351 1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6492.1891932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4575127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.971.5653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75521039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4133752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.444.5893
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 182
Rwork0.198 1678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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