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- PDB-3exj: Crystal Structure of a p53 Core Tetramer Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3exj
タイトルCrystal Structure of a p53 Core Tetramer Bound to DNA
要素
  • 5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DC)-3'
  • 5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DCP*DA)-3'
  • mouse p53 core domain
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / Acetylation / Activator / Anti-oncogene / Apoptosis / Cell cycle / Covalent protein-RNA linkage / Cytoplasm / Disease mutation / DNA-binding / Endoplasmic reticulum / Metal-binding / Methylation / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Regulation of TP53 Expression / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / regulation of thymocyte apoptotic process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Stabilization of p53 / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Regulation of TP53 Expression / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / regulation of thymocyte apoptotic process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Stabilization of p53 / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / G2/M DNA damage checkpoint / Regulation of TP53 Degradation / Oncogene Induced Senescence / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Ovarian tumor domain proteases / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / regulation of cellular senescence / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ub-specific processing proteases / embryo development ending in birth or egg hatching / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / negative regulation of mitophagy / cellular response to stress / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / TFIID-class transcription factor complex binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / replicative senescence / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / somitogenesis / glial cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / response to UV / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / gastrulation / response to salt stress / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of proteolysis / MDM2/MDM4 family protein binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #720 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily ...Immunoglobulin-like - #720 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DNA / DNA (> 10) / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malecka, K.A.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a p53 core tetramer bound to DNA.
著者: Malecka, K.A. / Ho, W.C. / Marmorstein, R.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999The complete crystallized DNA sequence is 5'-TTGAGCATGCTCGAGCATGCTCA-3'. The sequence in the ...The complete crystallized DNA sequence is 5'-TTGAGCATGCTCGAGCATGCTCA-3'. The sequence in the asymmetric unit is only half of the complete sequence (GAGCATGCTCA for chain C and GAGCATGTCTC for chain D. The biological unit isgenerated by applying the (-X, Y, -Z) symmetry.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mouse p53 core domain
B: mouse p53 core domain
C: 5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DCP*DA)-3'
D: 5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0997
ポリマ－51,7794
非ポリマー3203
水10,413578
1
A: mouse p53 core domain
B: mouse p53 core domain
C: 5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DCP*DA)-3'
D: 5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DC)-3'
ヘテロ分子

A: mouse p53 core domain
B: mouse p53 core domain
C: 5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DCP*DA)-3'
D: 5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,19714
ポリマ－103,5578
非ポリマー6406
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)114.740, 68.016, 75.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 mouse p53 core domain


分子量: 22383.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02340

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DCP*DA)-3'


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p53 consensus sequence
#3: DNA鎖 5'-D(*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DTP*DC)-3'


分子量: 3653.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p53 consensus sequence

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非ポリマー , 3種, 581分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM lithium citrate, 20% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Lithium Citrate11
2PEG 335011
3Lithium Citrate12
4PEG 335012

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器日付: 2008年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→70.186 Å / Num. obs: 36093 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→28.7 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rfree0.26 -
Rwork0.225 -
obs-36093
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 468 15 578 4128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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