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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3exh | ||||||
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| タイトル | Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / heterotetramer / thiamine diphosphate-dependent enzyme / Disease mutation / Glycolysis / Leigh syndrome / Mitochondrion / Phosphoprotein / Alternative splicing / Polymorphism / Pyruvate / Thiamine pyrophosphate / Transit peptide | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報: / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation ...: / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / 解像度: 2.444 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.-C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008タイトル: Structural basis for inactivation of the human pyruvate dehydrogenase complex by phosphorylation: role of disordered phosphorylation loops. 著者: Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3exh.cif.gz | 548.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3exh.ent.gz | 441.5 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3exh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 3exh_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 3exh_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 3exh_validation.xml.gz | 103.7 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 3exh_validation.cif.gz | 143.9 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3exh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 5
NCSアンサンブル:
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要素
-Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, ... , 2種, 4分子 AECG
| #1: タンパク質 | 分子量: 42552.516 Da / 分子数: 2 / 断片: E1p-alpha / 変異: S203A,S271A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S203A/S271A with bound Mn-ThDP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHA1, PHE1A / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P08559, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) #3: タンパク質 | 分子量: 42632.492 Da / 分子数: 2 / 断片: E1p-alpha / 変異: S203A,S271A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphorylated S264, S203A/S271A with bound Mn-ThDP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHA1, PHE1A / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P08559, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 BDFH
| #2: タンパク質 | 分子量: 35941.316 Da / 分子数: 4 / 断片: E1p-beta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHB, PHE1B / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P11177, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) |
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-非ポリマー , 5種, 809分子 








| #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 化合物 | ChemComp-TPP / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 % |
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| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 8000, 140mM NaOAC, 50mM BisTris pH6.5, 10% glucose, 50mM Taurine, 8mM MgCl2, and 10mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.444→50 Å / Num. obs: 123888 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 1.296 / Net I/σ(I): 14.158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 解像度: 2.444→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.465 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 63.61 Å2 / Biso mean: 18.89 Å2 / Biso min: 2 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.444→50 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用













PDBj






