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- PDB-3exf: Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3exf
タイトルCrystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex
要素(Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / heterotetramer / thiamine diphosphate-dependent enzyme / Disease mutation / Glycolysis / Leigh syndrome / Mitochondrion / Phosphoprotein / Alternative splicing / Polymorphism / Pyruvate / Thiamine pyrophosphate / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation ...pyruvate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit, subgroup y / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit, subgroup y / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta / : / Transketolase, C-terminal domain / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.-C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for inactivation of the human pyruvate dehydrogenase complex by phosphorylation: role of disordered phosphorylation loops.
著者: Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
E: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
F: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
G: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
H: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,93020
ポリマ－313,9758
非ポリマー1,95512
水1629
1
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,96510
ポリマ－156,9884
非ポリマー9776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22070 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area41930 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
F: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
G: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
H: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,96510
ポリマ－156,9884
非ポリマー9776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22100 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area42190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.389, 129.668, 144.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSERAA0 - 36121 - 382
21METMETSERSERCC0 - 36121 - 382
31METMETSERSEREE0 - 36121 - 382
41METMETSERSERGG0 - 36121 - 382
12LEULEUILEILEBB1 - 3291 - 329
22LEULEUILEILEDD1 - 3291 - 329
32LEULEUILEILEFF1 - 3291 - 329
42LEULEUILEILEHH1 - 3291 - 329

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial / E.C.1.2.4.1 / pyruvate dehydrogenase (E1p) alpha subunit / PDHE1-A type I


分子量: 42552.516 Da / 分子数: 4 / 断片: E1p-alpha / 変異: S203A,S271A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Phosphorylation site 1 (S264) only mutant (S203A/S271A) with bound Mg-ThDP
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHA1, PHE1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08559, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#2: タンパク質
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial / E.C.1.2.4.1 / pyruvate dehydrogenase (E1p) beta subunit / PDHE1-B


分子量: 35941.316 Da / 分子数: 4 / 断片: E1p-beta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHB, PHE1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11177, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)

-
非ポリマー , 4種, 21分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 8000, 140mM NaOAC, 50mM BisTris pH6.5, 10% glucose, 50mM Taurine, 8mM MgCl2, and 10mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.998→50 Å / Num. obs: 72201 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 1.448 / Net I/σ(I): 10.699
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.998-3.053.40.5635431.568198.2
3.05-3.113.70.52435761.651100
3.11-3.173.70.43536371.4111100
3.17-3.233.70.36736231.373199.9
3.23-3.33.70.31235701.3431100
3.3-3.383.70.27235831.4071100
3.38-3.463.80.23936031.432199.9
3.46-3.563.80.19235961.4191100
3.56-3.663.80.17336031.5361100
3.66-3.783.80.15436081.581199.8
3.78-3.913.80.14436171.573199.9
3.91-4.073.80.12235821.533199.9
4.07-4.263.80.11136311.669199.8
4.26-4.483.70.09336071.592199.5
4.48-4.763.80.08235711.517199.6
4.76-5.133.70.08236371.404199.9
5.13-5.643.70.08336051.32199.8
5.64-6.463.90.0836491.283199.9
6.46-8.133.90.06336491.218199.9
8.13-503.70.05137111.162199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.998→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 38.314 / SU ML: 0.324 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3624 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.189 72121 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.88 Å2 / Biso mean: 21.411 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å21.8 Å2
2---3.18 Å20 Å2
3---4.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.998→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21386 0 112 9 21507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02221940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0251.96829664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.30752758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91923.967978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.975153744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.64915148
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.23194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02116744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6641.513714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.342221998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28738226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8834.57666
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1444MEDIUM POSITIONAL0.230.5
1B1444MEDIUM POSITIONAL0.240.5
1C1444MEDIUM POSITIONAL0.220.5
1D1444MEDIUM POSITIONAL0.240.5
1A1372LOOSE POSITIONAL0.565
1B1372LOOSE POSITIONAL0.585
1C1372LOOSE POSITIONAL0.575
1D1372LOOSE POSITIONAL0.625
1A1444MEDIUM THERMAL1.92
1B1444MEDIUM THERMAL1.712
1C1444MEDIUM THERMAL2.142
1D1444MEDIUM THERMAL1.972
1A1372LOOSE THERMAL2.9510
1B1372LOOSE THERMAL2.7110
1C1372LOOSE THERMAL3.2110
1D1372LOOSE THERMAL2.810
2E1316MEDIUM POSITIONAL0.20.5
2F1316MEDIUM POSITIONAL0.20.5
2G1316MEDIUM POSITIONAL0.20.5
2H1316MEDIUM POSITIONAL0.210.5
2E1203LOOSE POSITIONAL0.55
2F1203LOOSE POSITIONAL0.495
2G1203LOOSE POSITIONAL0.535
2H1203LOOSE POSITIONAL0.515
2E1316MEDIUM THERMAL1.72
2F1316MEDIUM THERMAL1.722
2G1316MEDIUM THERMAL1.782
2H1316MEDIUM THERMAL1.852
2E1203LOOSE THERMAL2.5410
2F1203LOOSE THERMAL2.6810
2G1203LOOSE THERMAL2.5510
2H1203LOOSE THERMAL2.7810
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 235 -
Rwork0.24 4815 -
all-5050 -
obs--94.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4561-0.0974-0.01390.4239-0.02940.30650.0119-0.0053-0.01390.0155-0.0023-0.0513-0.04640.0399-0.0097-0.0659-0.0186-0.0044-0.0606-0.0405-0.0826-25.084-8.173-6.732
20.40610.11310.02570.4028-0.07890.31850.02480.0220.0275-0.0101-0.0002-0.01190.02680.0257-0.0246-0.04930.00860.0066-0.0558-0.0368-0.082-52.927-42.089-61.709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 361
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 329
3X-RAY DIFFRACTION1C0 - 361
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 329
5X-RAY DIFFRACTION2E0 - 361
6X-RAY DIFFRACTION2F1 - 329
7X-RAY DIFFRACTION2G0 - 361
8X-RAY DIFFRACTION2H1 - 329

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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