PDB-3ex9: Crystal structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ex9

タイトル

Crystal structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 crystallized in C2221

要素

Phenazine biosynthesis protein A/B

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / phenazine biosynthesis / KSI

機能・相同性

Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Phenazine biosynthesis protein A/B

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ahuja, E.G. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: PhzA/B Catalyzes the Formation of the Tricycle in Phenazine Biosynthesis.
著者: Ahuja, E.G. / Janning, P. / Mentel, M. / Graebsch, A. / Breinbauer, R. / Hiller, W. / Costisella, B. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2008年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ex9.cif.gz	46.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ex9.ent.gz	31.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ex9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ex9_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ex9_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	3ex9_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	3ex9_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ex9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ex9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b4oSC 3b4pC 3cnmC 3dzlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wop-d 5odp-d 3juq-d 3juo-d 3b4o-d 5gz9-d 3ff0-d 3jup-d 2ckh-d 4fdo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phenazine biosynthesis protein A/B

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenazine biosynthesis protein A/B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.940, 79.680, 64.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phenazine biosynthesis protein A/B 分子量: 21531.025 Da / 分子数: 1 / 断片: PhzA/B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: R18194 / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1M Bis-TRIS, 0.2M NH4OAc, 20% (w/v) PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→42.26 Å / Num. all: 10609 / Num. obs: 10338 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 5.5 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 48 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1305 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B4O

3b4o

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.581 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS-REFINEMENT WAS USED THROUGOUT (1 BODY)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23968	535	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19218	-	-	-
obs	0.19476	9803	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1253	0	0	34	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831	1.905	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.307
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.958

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	30	-
R_work	0.35	716	-
obs	-	-	96.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.0642 Å / Origin y: 1.1891 Å / Origin z: -14.952 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1496 Å²	-0.0656 Å²	-0.0418 Å²	-	-0.1007 Å²	0.0081 Å²	-	-	-0.2039 Å²
L	6.0507 °²	0.0597 °²	-4.3093 °²	-	2.528 °²	0.1162 °²	-	-	5.6751 °²
S	-0.0004 Å °	0.8618 Å °	0.1077 Å °	-0.0057 Å °	0.0197 Å °	0.0549 Å °	0.4001 Å °	-1.0647 Å °	-0.0193 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)