PDB-3ex4: human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with BMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ex4

タイトル

human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with BMP

要素

Orotidine-5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / decarboxylase / tim barrel / unusual catalysis / Alternative splicing / Disease mutation / Glycosyltransferase / Multifunctional enzyme / Polymorphism / Pyrimidine biosynthesis / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2009
タイトル: Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase
著者: Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2008年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ex4.cif.gz	129.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ex4.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ex4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ex4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ex4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ewuC 3ewwC 3ewxC 3ewyC 3ewzC 3ex1C 3ex2C 3ex3C 3ex6C 3l0kC 3l0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mw7-d 3ex2-d 2qcl-d 3ex3-d 3eww-d 3bk0-d 3ex1-d 3ewx-1 2qcd-d 2v30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

A: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.320, 116.900, 62.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-495- HOH
2	1	A-816- HOH

#1: タンパク質	Orotidine-5'-phosphate decarboxylase / OMPdecase 分子量: 28299.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 224-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) 参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 1.8 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→44.7 Å / Num. obs: 78072 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 517 / R_sym value: 0.359 / % possible all: 47.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
COMO		位相決定
REFMAC	5.4.0077	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.24→38.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.984 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13507	3928	5.1 %	RANDOM
R_work	0.11854	-	-	-
obs	0.11937	73733	98.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→38.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2096	0	22	345	2463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	2.014	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.184	3	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.947	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.723	23.667	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.932	15	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.111	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.438	1.5	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.714	1.5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.187	2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.23	3	830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.939	4.5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.523	3	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.292	3	345
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.017	3	3607

LS精密化シェル

解像度: 1.24→1.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	245	-
R_work	0.246	4459	-
obs	-	-	81.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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