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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ex1 | ||||||
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タイトル | human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase soaked with 6-cyano-UMP, converted to UMP | ||||||
![]() | Orotidine-5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / decarboxylase / tim barrel / unusual catalysis / Disease mutation / Glycosyltransferase / Multifunctional enzyme / Pyrimidine biosynthesis / Transferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / lactation / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase 著者: Heinrich, D. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28299.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-U5P / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-6CN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ACCORDING TO AUTHORS, THE LIGAND 6CN HAS DISTORTED GEOMETRY WHEN IN COMPLEX WITH THE ENZYME. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 1.8 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月29日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.4→42.5 Å / Num. obs: 107488 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 6504 / Rsym value: 0.602 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.918 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
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