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- PDB-3ewk: Structure of the redox sensor domain of Methylococcus capsulatus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewk
タイトルStructure of the redox sensor domain of Methylococcus capsulatus (Bath) MmoS
要素Sensor protein
キーワードFLAVOPROTEIN / PAS domain / alpha/beta fold / Kinase / Phosphoprotein / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GAF domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. ...Single helix bin / GAF domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Sensory/regulatory protein RpfC
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Ukaegbu, U.E. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of the Redox Sensor Domain of Methylococcus capsulatus (Bath) MmoS.
著者: Ukaegbu, U.E. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2008年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4654
ポリマ－25,5521
非ポリマー9133
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.71, 146.71, 43.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 25551.699 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD(99-325) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
遺伝子: MCA1204, MmoS / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q609M8, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium phosphate and glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年3月19日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12 % / Av σ(I) over netI: 33.31 / 数: 51248 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.22 / D res high: 4.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 4273 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.715097.610.071.56412
6.928.7110010.0861.55313.2
6.056.9210010.1221.4513.6
5.56.0510010.1481.13513.7
5.15.510010.1751.09313.2
4.85.110010.1891.13312.4
4.564.810010.1781.08211.3
4.364.5610010.2310.96710.3
4.194.3697.910.2440.9899.9
4.054.1995.910.3780.8959.9
反射解像度: 2.34→40.8 Å / Num. obs: 17002 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.164 / Net I/σ(I): 33.314
反射 シェル解像度: 2.34→3.03 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 1113 / Χ2: 0.716 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.34→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.2 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 852 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 17002 81.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.24 Å2 / Biso mean: 56.435 Å2 / Biso min: 24.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 60 59 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0211891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9691.9822569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.8735226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13623.26395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.77815308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.021521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2060.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3180.21013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2470.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3730.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6010.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4421.51168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43721797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.233935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0164.5772
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 6 -
Rwork0.338 132 -
all-138 -
obs--9.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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