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- PDB-3ew1: Crystal structure of rhizavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ew1
タイトルCrystal structure of rhizavidin
要素rhizavidin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / high affinity / rhizavidin / biotin / avidin
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Livnah, O. / Meir, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of rhizavidin: insights into the enigmatic high-affinity interaction of an innate biotin-binding protein dimer.
著者: Meir, A. / Helppolainen, S.H. / Podoly, E. / Nordlund, H.R. / Hytonen, V.P. / Maatta, J.A. / Wilchek, M. / Bayer, E.A. / Kulomaa, M.S. / Livnah, O.
履歴
登録2008年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: rhizavidin
B: rhizavidin
C: rhizavidin
D: rhizavidin
E: rhizavidin
F: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7086
ポリマ－86,7086
非ポリマー00
水12,863714
1
A: rhizavidin
B: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9032
ポリマ－28,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12950 Å2
2
C: rhizavidin
D: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9032
ポリマ－28,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13820 Å2
3
E: rhizavidin
F: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9032
ポリマ－28,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14110 Å2
4
B: rhizavidin
E: rhizavidin

D: rhizavidin
F: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8064
ポリマ－57,8064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area8740 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
5
A: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
B: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
C: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
D: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
E: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
10
F: rhizavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4511
ポリマ－14,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.834, 116.851, 48.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-874-

HOH

21F-785-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
rhizavidin


分子量: 14451.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: RHE_PD00032 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8KKW2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl. 0.2M MgCl2, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月14日
放射モノクロメーター: synchrotron optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45.08 Å / Num. all: 104982 / Num. obs: 99649 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.779 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 5320 5.1 %RANDOM
Rwork0.16834 ---
obs0.17112 99649 98.16 %-
all-104982 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 0 714 6756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0216513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.8918930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6335875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40726.35326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78815917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6961512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5771.54274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27826755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24132638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3494.52175
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.75536912
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.5373714
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.94536332
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 343 -
Rwork0.256 6598 -
obs--88.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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