PDB-3euf: Crystal structure of BAU-bound human uridine phosphorylase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3euf

タイトル

Crystal structure of BAU-bound human uridine phosphorylase 1

要素

Uridine phosphorylase 1

キーワード

TRANSFERASE / nucleoside phosphorylase / uridine rescue / 5-benzylacyclouridine / Alternative splicing / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyuridine phosphorylase activity / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / thymidine phosphorylase activity / UMP catabolic process / uridine catabolic process / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / Pyrimidine salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Roosild, T.P.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Implications of the structure of human uridine phosphorylase 1 on the development of novel inhibitors for improving the therapeutic window of fluoropyrimidine chemotherapy.
著者: Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Fabbiani, M. / Pizzorno, G.

履歴

登録	2008年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3euf.cif.gz	240.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3euf.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3euf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3euf_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3euf_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3euf_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	3euf_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3euf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3euf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eueC 1u1cS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kd3-d 3p0e-3 5e1c-d 3bpm-d 3p0e-2 5tlt-d 3nbq-1 5cyg-d 1l1y-2 5krc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase 1

B: Uridine phosphorylase 1

C: Uridine phosphorylase 1

D: Uridine phosphorylase 1

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uridine phosphorylase 1

B: Uridine phosphorylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Uridine phosphorylase 1

D: Uridine phosphorylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.197, 74.442, 262.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	79 - 84
2	1	1	5	B	79 - 84
3	1	1	5	C	79 - 84
4	1	1	5	D	79 - 84
1	1	2	5	A	308 - 309
2	1	2	5	D	308 - 309

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 1 / UrdPase 1 / UPase 1 分子量: 36050.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPP1, UP / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16831, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-BAU / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-BENZYLPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-ベンジルアシクロウリジン分子量: 276.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG 3350, 300mM KCl, 30mM MgCl2, 100mM Bis-Tris Buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 103357 / Num. obs: 103213 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10192 / Num. unique obs: 10192 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U1C

1u1c

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 3.403 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25147	5155	5 %	RANDOM
R_work	0.2024	-	-	-
obs	0.20481	97957	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9030	0	100	336	9466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	9278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.992	12526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.972	5	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.707	23.656	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.157	15	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.244	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	6427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.412	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.268	1.5	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.91	2	9380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.024	3	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.524	4.5	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	24	medium positional	0.44	0.5
1	2	B	24	medium positional	0.31	0.5
1	3	C	24	medium positional	0.31	0.5
1	4	D	24	medium positional	0.31	0.5
2	1	A	4	medium positional	0.09	0.5
1	1	A	20	loose positional	0.97	5
1	2	B	20	loose positional	0.68	5
1	3	C	20	loose positional	0.9	5
1	4	D	20	loose positional	0.88	5
2	1	A	2	loose positional	0.15	5
1	1	A	24	medium thermal	2.89	2
1	2	B	24	medium thermal	2.6	2
1	3	C	24	medium thermal	2.36	2
1	4	D	24	medium thermal	2.11	2
2	1	A	4	medium thermal	0.56	2
1	1	A	20	loose thermal	3.49	10
1	2	B	20	loose thermal	2.71	10
1	3	C	20	loose thermal	3.67	10
1	4	D	20	loose thermal	3.29	10
2	1	A	2	loose thermal	0.18	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	386	-
R_work	0.276	7117	-
obs	-	-	99.67 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)