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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3etz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial adhesin FadA L76A mutant | |||||||||
要素 | Adhesin A | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / antiparallel helix-loop-helix / Leucine chain / cell adhesin / L76A mutant | |||||||||
機能・相同性 | Adhesion protein FadA / Adhesion protein FadA / Helix Hairpins - #1700 / : / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Adhesion A 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Fusobacterium nucleatum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Shoham, M. / Han, Y.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Crystal Structure of FadA Adhesin from Fusobacterium nucleatum Reveals a Novel Oligomerization Motif, the Leucine Chain. 著者: Nithianantham, S. / Xu, M. / Yamada, M. / Ikegami, A. / Shoham, M. / Han, Y.W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray data of the FadA adhesin from Fusobacterium nucleatum 著者: Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Han, Y.W. / Shoham, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3etz.cif.gz | 60 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3etz.ent.gz | 44.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3etz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3etz_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3etz_full_validation.pdf.gz | 434.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3etz_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3etz_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3etz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3etz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain A,B, using restrain) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13627.759 Da / 分子数: 2 / 変異: L76A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) 遺伝子: fadA / プラスミド: pET21(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5I6B0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.2, and 0.1M Trimethylamine HCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97899 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日 / 詳細: 3 x 3 mosaic |
放射 | モノクロメーター: Double crystal (Si-111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.8 Å / Num. all: 25094 / Num. obs: 25002 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.725 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2490 / Χ2: 0.546 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ETW 解像度: 2→29.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.851 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 60.218 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.64 Å2 / Biso mean: 36.943 Å2 / Biso min: 20.47 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms: 0.819 / タイプ: restrain / Weight: 200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.01 Å /
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Xplor file |
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