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- PDB-3etw: Crystal Structure of bacterial adhesin FadA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3etw
タイトルCrystal Structure of bacterial adhesin FadA
要素Adhesin A
キーワードCELL ADHESION / antiparallel helix-loop-helix / Leucine chain / cell adhesin
機能・相同性Adhesion protein FadA / Adhesion protein FadA / Helix Hairpins - #1700 / : / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / THIOCYANATE ION / Adhesion A
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Shoham, M. / Han, Y.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of FadA Adhesin from Fusobacterium nucleatum Reveals a Novel Oligomerization Motif, the Leucine Chain.
著者: Nithianantham, S. / Xu, M. / Yamada, M. / Ikegami, A. / Shoham, M. / Han, Y.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray data of the FadA adhesin from Fusobacterium nucleatum
著者: Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Han, Y.W. / Shoham, M.
履歴
登録2008年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年12月2日ID: 2AVR
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,6701
非ポリマー581
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.340, 59.340, 126.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Adhesin A


分子量: 13669.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
遺伝子: fadA / プラスミド: pET21(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5I6B0
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.6, 0.5M potassium thiocyanate, 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM11.0332
シンクロトロンALS 4.2.220.92871, 0.91999, 0.91979
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-21CCD2005年8月3日3 x 3 mosaic
NOIR-12CCD2005年1月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal (Si-111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal (Si-111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.928711
30.919991
40.919791
反射解像度: 2→29.7 Å / Num. all: 17075 / Num. obs: 15871 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.677
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2.813 / Num. unique all: 1068 / Χ2: 0.475 / % possible all: 63

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.92871.83-5.03
13 wavelength20.924.52-9.96
13 wavelength30.91984.75-9.01
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Br600.1480.3790.1631.178
2Br17.8450.2680.3260.1390.415
3Br27.3080.2630.3220.0140.647
4Br10.4280.4610.3180.1390.309

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.796 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1563 9.2 %Random
Rwork0.225 ---
all0.251 17075 --
obs0.247 15819 93 %-
溶媒の処理Bsol: 58.706 Å2
原子変位パラメータBiso max: 88.12 Å2 / Biso mean: 49.109 Å2 / Biso min: 29.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.055 Å22.459 Å20 Å2
2--12.055 Å20 Å2
3----24.111 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 3 162 1038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.6872
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.6252.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.312 28
Rwork0.338 -
obs-278
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2scn.paramscn.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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