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万見
- PDB-3et5: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E(P4) Acid Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3et5
タイトルStructure of Recombinant Haemophilus Influenzae E(P4) Acid Phosphatase Complexed with tungstate
要素Outer membrane protein P4, NADP phosphatase
キーワードHYDROLASE / haloacid dehalogenase (had) fold / dddd motif / class c nonspecific acid phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Outer membrane protein P4, NADP phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of Recombinant Haemophilus Influenzae E (P4) Acid Phosphatase Reveals a New Member of the Haloacid Dehalogenase Superfamily.
著者: Felts, R.L. / Ou, Z. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年10月14日ID: 2HLL
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0744
ポリマ－28,6081
非ポリマー4663
水2,558142
1
A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein P4, NADP phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1498
ポリマ－57,2162
非ポリマー9336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.848, 65.848, 101.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein P4, NADP phosphatase / recombinant e(P4) acid phosphatase


分子量: 28608.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-274 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: hel, NTHI0816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QMM5, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 40% PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0052
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.56 Å / Num. obs: 15761 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.07 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.13 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.435 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 783 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 15737 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1916 0 13 142 2071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.9272678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03525.238105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74115336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.51240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89521907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6353877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3754.5769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 59 -
Rwork0.22 1066 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.366 Å / Origin y: 4.58 Å / Origin z: 20.654 Å
111213212223313233
T-0.0998 Å20.0292 Å20.0326 Å2--0.1233 Å20.0152 Å2---0.0772 Å2
L2.1481 °2-0.2297 °2-0.2434 °2-2.2975 °20.0841 °2--0.8434 °2
S0.1123 Å °0.28 Å °0.1081 Å °0.0911 Å °-0.102 Å °0.3573 Å °-0.025 Å °-0.1492 Å °-0.0103 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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